بالرغم من فوائد النعناع الكبير الا أن الدراسات العلمية أثبت وجود العديد من الأضرار، حيث يتسبب فى حالات بحساسية الفم، لدى الأشخاص الذين يعانون من التهاب الشفاه الزاوي، وذلك عند الاستخدام الموضعي لزيت النعناع، أو استعمال معجون أسنان يحتوي على النّعناع.
كما ان هناك اشخاص يعانون من فقدان حمض المعدة، فهذا قد يذيب الغلاف في وقت مبكر من عمليّة الهضم، ويتسبب النعناع قد يسبب حرقة المعدة كما يتسبب زيت النعناع فى الحرق الشرجي لدى الأشخاص الذين يعانون من الإسهال.
