يعود تاريخ المعهد البابوي لمركز نوتردام في القدس إلى عام 1882 في فترة شهدت قدوم مجموعات كثيرة من الحجاج إلى الأرض المقدسة.
يقول الأب أوجينيو ألياتا الفرنسيسكاني، عالم آثار بالمركز البيبلي الفرنسيسكاني، إن عدد الحجاج القادمين بالسفن إلى هذا المركز كان يصل من 300 إلى 900 شخص في كل رحلة لهم للقدس، وكان من الصعب استيعاب مثل هذا العدد الكبير من الزوار خصوصا وأن الكنيسة هي التي كانت تأخذ على عاتقها تنظيم هذه الرحلات، لذلك كان لا بد من إقامة مركز يرحّب بالراغبين في معرفة أرض الإنجيل الخامس. وقد استقبل مركز نوتردام ضيوفه الأوائل عام 1888.
شهد المبنى، الذي يقع على بعد خطوات قليلة من البلدة القديمة للقدس، الكثير من الوقائع التاريخية، بحسب أوجينيو ألياتا الفرنسيسكاني، يقول إنه في السنوات الـ100 الأخيرة اندلعت حروب كثيرة، وخلال الحرب العالمية الأولى أغلقت أماكن إيواء الحجاج، وبعد ذلك اندلعت الحرب العالمية الثانية، ثم الحرب العربية - الإسرائيلية التي انتهت بالاستيلاء على القدس وتوحيد شطري المدينة، وكانت هناك مشكلات أخرى، علاوة على أن مركز النوتردام يقع في مكان ليس من السهل المحافظة عليه، لذلك ظل المبنى يعاني من التفجيرات، وإطلاق النار وتسبب هذا كله بالكثير من الأضرار".
وتابع عالم الآثار الفرنسيسكاني قائلًا؛ إن محن كثيرة، شهدها المعهد وانتصارات أيضا، فمثلًا في عام 1972 تم تسليم المبنى إلى الكرسي الرسولي وأعيد تأهيله برعاية البابا بولس السادس، وفي عام 2004، في عهد البابا يوحنا بولس الثاني، انتقلت إدارة المبنى إلى "فيالق المسيح".
ويقول الأب خوان ماريا سولانا بمركز نوتردام "إن المركز يقع في قلب مدينة القدس، هذه المدينة المعقدة والرائعة. ولأنه يتبع إلى الكرسي الرسولي، فهو مكان محايد، ومتاح للجميع لكي يلتقوا ويشاركوا في الاحتفالات والأنشطة بمختلف أنواعها، وفي السنوات الأخيرة مرّ ملايين الأشخاص عبر النوتردام، بمن فيهم البابا بنيدكت السادس عشر والبابا فرنسيس.
