منذ عام ١٩٧٦ بدأت كاريتاس مصر التابعة للفاتيكان، برعاية اللاجئين الذين اعتادوا اللجوء إليها كجمعية تساند منكوبى الحوادث وتقدم المساعدات العاجلة، مما أهَلها فى عام ١٩٨٨ لتتعهد برعاية غير مُعينى الجنسية من قبل المكتب الإقليمى لمفوضية الأمم المتحدة لشئون اللاجئين، الذى بحلول عام ١٩٩٢ أسند إليها رعاية اللاجئين المعترف بهم من قبلهم.
ومنذ ذلك الحين يقوم القطاع بدوره كشريك أساسى منفذًا لبرامج المفوضية، فيقدم الكثير من الدعم المعنوى والمادى للحالات الإنسانية التى لا مورد لها، بالإضافة إلى بعض المشـاريع التنموية الرائدة بالتعاون مع كاريتاس إسـبانيا وكاريتاس فرنسـا وكاريتاس ألمانيا وكاريتاس سالزبورج.
ومع عام ٢٠٠٩ تحقق هدف القطاع بتخفيف المعاناة عن اللاجئين، والارتفاع بمستوى حياتهم كأسر وأفراد، من خلال الأنشطة الاجتماعية والطبية التى يقوم بها المكتب بمحافظتى القاهرة والإسكندرية، والتى خدمت ما يقرب من ٣٥ ألف لاجئ من السودانيين والعراقيين والصوماليين وبعض الجنسيات الأخرى.
من أهم الأنشطة الاجتماعية التى قام بها القسم الاجتماعى بالقطاع واستفاد منها اللاجئون من خلال برامج التدريب المهنى لتوفير فرص عمل تمكن القادرين على العمل من أجل العيش الكريم، التشجيع على التعليم المدرسي، وبرامج رفع الوعى الثقافى الاجتماعي، ومعسكرات صيفية وحفلات لأطفال اللاجئين.
