وُلِدَ "يوسف إسكندر يوسف" يوم 20 سبتمبر سنة 1919 في أسرة كبيرة عددًا، فقيرة معيشةً.
كانت والدته متدينة جدًا، تقضي أوقات طويلة في الصلاة والسجود، وهو كطفل يقلدها في السجود. ثم بدأ والده في صلاة الأجبية كذلك نحو عام 1928/1929.
في عام 1935 التحق بمدرس شبين الكوم الثانوية ثم التحق بالجامعة (كلية الصيدلة) من عام 1938 إلى 1943، وكانت علاقته ممتازة بزملائه الطلبة وتخرج من الكلية عام 1944 بعد تخرجه تعيَّن بالتكليف العسكري في المستشفيات الحكومية، ثم بعدها انخرط في العمل الحر، فقام بإدارة أجزخانة في الإسكندرية، ثم فتح أجزخانة في دمنهور ونجح في عمله حتى عام 1948.
كان من طفولته يشعر بمشاعر روحية، زادت في نهاية فترة حياته قبل دخوله الديرفانطلق إلى دير الأنبا صموئيل بصحراء القلمون kalamwn في مايو 1948، واختاره لكونه الأفقر والأبعد عن العُمران. وقضى في الدير ثلاثة سنوات، حيث ترهَّب فيه على يد القمص مينا الصموئيلي رئيس الدير.
نزل بعد ذلك إلى دير السريان للعلاج إثر مرض أصاب عينيه في مارس 1951، فرسمه أنبا ثاؤفيلس قسًا رغمًا عنه باسم "القس متى المسكين" (بسبب وجود راهب آخر في الدير باسم متى - فاختار اسم القديس متى المسكين من القرن الثامن).
خرج للتوحد في مغارة تبعد عن الدير 40 دقيقة مشيًا على الأقدام، وتقابل مع الأب المتوحد عبد المسيح الحبشي وقضى في فترة التوحد ثلاثة سنوات.
في سنة 1954 م. دُعِيَ للذهاب إلى الإسكندرية ليخدم بعد انتدابه لدرجة إيغومانوس "قمص" كوكيل للبطريركية للبطريرك الأنبا يوساب الثاني، فرفض مرتان وقبل في الثالثة. وفي الإسكندرية قام بتنظيم الخدمة وضبط المالية وطرق إجراء الخدمات الطقسية ولكن رفض البعض أسلوبه وقراراته، فحاول ترك الخدمة مرّتان، ثم تمت إقالته وإعفاءه من الوكالة بواسطة قداسة البابا يوساب الثاني سنة 1955 م.، فعاد إلى المغارة بوادي النطرون وتكاثر حوله بعض الرهبان ثم بعدها عاد معهم إلى دير الأنبا صموئيل وظلوا هناك ثلاثة سنوات.
وفي عام 1957 م. رُشِّحَ للبطريركية ضمن مجموعة من الرهبان (من خدام مدارس الأحد)، ولم يتم ذلك بسبب لائحة 1957 م ثم شهد عام 1958 أنشأ القمص متى بيتًا للمكرسين من الشباب المتبتل الذين يرغبون في الخدمة -دون الرهبنة- وكان مقره المؤقت في حدائق القبة، ثم انتقل في أوائل عام 1959 إلى حلوان.
ثم توجه أبونا متى من دير الأنبا صموئيل في 27 يناير 1960 مع 12 راهبًا إلى بيت التكريس في حلوان وأقاموا فيه بصورة مؤقتة لحين صدور توجيهات البابا كيرلس السادس لاختيار الدير الذي يناسبهم، في عام 1960 (29 يناير 1960 - فجر سبت لعازر 9 أبريل 1960) عاد هو وتلاميذه إلى دير السريان استجابة لطلب البابا القبطي الجديد البابا كيرلس السادس (1959-1971)، لكنهم آثروا أن يرجعوا إلى حياة الوحدة والهدوء والكامل للحفاظ على روح الرهبنة الأولى. فذهبوا إلى صحراء وادي الريان 11 أغسطس 1960 (تبعد 50 كيلو عن أقرب قرية مأهولة بالسكان في محافظة الفيوم - في عمق الصحراء).
وعاشوا هناك في كهوف محفورة في الجبال، حفروها بأيديهم، بحياة مشابهة تمامًا وفي كل شيء لحياة آباء الرهبنة الأوائل أنطونيوس ومقاريوس. واستمروا هكذا 9 سنين. ازدادت جماعتهم الرهبانية بالرغم من انقطاع كل صلة بينهم وبين العالم. في هذه الفترة، ألَّف كتبًا روحية كثيرة ما زال يقرأها حتى الآن الشباب المسيحي في مصر والشرق الأوسط ويتأثرون بها. فتوجهوا إلى صحراء وادي الريان وحفروا مغائر عاشوا بها لمدة تسع سنوات، وكان بعض المعارف يرسلون لهم طعامًا كل شهرين على قوافل جِمال. وفي تلك الفترة أعلن الأنبا ثاؤفيلس أسقف دير السريان في جريدة الأهرام تجريد هؤلاء الرهبان من رتبهم وأسمائهم الرهبانية.
بعد ستة سنوات أرسل البابا كيرلس السادس خطابًا له يطلب منه إرسال ثلاثة رهبان لدير الأنبا صموئيل، فتم ذلك.
بعد ثلاثة سنوات أخرى طلب البابا كيرلس لقاء مع القمص متى عام 1969 لإجراء المصالحة وإعادته للرهبنة، وكانت في حضور القمص صليب سوريال والأنبا ميخائيل مطران أسيوط.
كان ذلك يوم 9 مايو 1969، وتم إلحاقهم بدير القديس أنبا مقار، وذلك في حضور الأنبا ميخائيل مطران أسيوط ورئيس الدير؛ حيث كان البابا كيرلس قد سلَّم نيافته مسئولية بَعْث الحياة الرهبانية في الدير وتجديد وتوسيع مبانيه.
بدأ الراهب متى في مسئولية إعادة إعمار الدير وإعادة تخطيطه، وإدارة شئون الدير والرهبان والعمال والزراعة والإنتاج الحيواني..
في سنة 1971 م. رُشِّحَ مرة أخرى للبطريركية ضمن 9 من الآباء. ولكن ذلك لم يتم.
له العديد من العظات، ومقالات عدة في مجلة مرقس، وهو مؤلف له كتابات كثيرة وتمت ترجمة بعض كتبه إلى اللغات الإنجليزية والفرنسية والإيطالية. ومن أهم وأروع كتاباته كتاب "حياة الصلاة الأرثوذكسية"، والذي كُتِبَ من خلال تجميع أقوال الآباء في هذا المجال
تنيح يوم الخميس الموافق 8 يونيو 2006 م. (1 بؤونة 1722 ش.) عن عمر يناهز 87 عامًا.
دُفِنَ في مغارة في صخرة ضمن الأسوار المُحيطة بأرض الدير، كان قد اختار مكانها قبل نياحته بثلاث سنوات. حيث نشر رهبان الدير في بعض الجرائد أنه ترك وصية بأن لا تصلي عليه أيَّة قيادات كنسيَّة، إنما يصلي عليه رهبان الدير فقط.
