«الأب متى المسكين هو مثال مضيء فى تاريخ الرهبنة» هذه العبارة كتبها نظير جيد، والذى أصبح البابا شنودة فيما بعد، فى مقدمة كتاب «حياة الصلاة الأرثوذكسية» للأب متى المسكين، إلا أن العلاقة بين البابا والراهب شهدت ترجحا رغم العلاقة بين البابا «نظير جيد» و«الراهب متى المسكين أو يوسف إسكندر» علاقة قديمة ترجع إلى خدمتهم سويا «بمدارس الأحد».
وقد بدأ الخلاف بين متى المسكين والبابا شنودة منذ اللحظة التى ترك فيها (الأنبا شنودة) مغارة التوحد فى وادى الريان وعودته إلى دير السريان وبعدها رسمته أسقفًا للتعليم فى ٣٠ سبتمبر 1962.
والخلاف بين البابا شنودة و«متى المسكين»، قد امتد من الجوانب العقائدية والفكرية ليشمل الجوانب الشخصية، كما قام البابا بإصدار كتاب بدع حديثة الذى ينتقد فيه البابا بعض أفكار «الأب متى»، إلا أنه وحتى وفاة الأب متى لم توجه له أى اتهامات بالخروج عن الكنيسة، وكانت هناك قطيعة بين البابا والدير الذى يرأسه الأب متى، ولم يذهب البابا للدير إلا بعد وفاة الأب متى المسكين، وقام وقتها بإلباس بعض الرهبان «القلنسوة المشقوقة» فيما رفض آخرون الخروج ومقابلة البابا.
واتخذ «الأب متى» منهجًا خاصًا به يتمركز على عدة أسس منها أن الكنيسة ليست مؤسسة الأقباط أو جامعة الدين والهوية، وأن المسيحية ليست جنسية قومية بديلة، وضرورة ضبط الحدود بين الطقوس الدينية والأدوار السياسية.
منذ أن تولى البابا تواضروس الثاني، بطريرك الكرازة المرقسية وبابا الإسكندرية، سدة كرسى مارمرقس وأخذ على عاتقه إصلاح بعض الأمور العالقة، والتى تركها البابا شنودة الراحل منها قضية دير أبو مقار بوادى النطرون.
وخلال زيارته وقع البابا تواضروس، فى دفتر زيارات دير أبو مقار قائلا: سعدت فى هذا اليوم المبارك بزيارة دير أبو مقار العامر ببرية وادى النطرون وقمت بزيارة كنائس الدير والمكتبة والمطبعة والمرافق الخاصة به.
وأضاف: كما سعدت بأن يكون هذه العام الأول لتذكار رسامة أخى الأنبا ابيفانيوس رئيسًا للدير ضمن السيمات التى قام بها ضعفى، فيما قال مصدر كنسى إن البابا التقى برهبان الدير فى اجتماع مغلق تحدث فيه عن محبة رهبان الدير للكنيسة.
وقال إن الدير هو فخر الرهبنة ومنارة للكنيسة، مشيرا إلى أن الرهبان غير المصريين يحضرون خصيصًا من بلدان العالم لدير أبو مقار للتعلم فيه، واستطرد قائلاً: الدير قد مر بفترة صعبة لكننا نعرف محبة رهبان الدير وخدمتهم للكنيسة.
