سيم قداسة البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ، بدرجة الأسقفية على يد المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث في ١٥ يونيو ١٩٩٧م باسم نيافة الأنبا تواضروس الأسقف العام ليخدم بإيبارشية البحيرة ليعاون نيافة الأنبا باخوميوس وتركزت خدمته فـي القطاع الصحراوي (منطقة كينج مريوط).
أثمر قداسة البابا خلال ١٥ عامًا من الأسقفية في القطاع الصحراوي بالبحيرة ونمت الخدمة هناك بشكل ملحوظ وتم بناء وإنشـاء عدد كبير مـن الكنائس (أكثر من ٤٥ كنيسة) في أنحاء القطاع الصحراوي وأيضًا سيم عدد كبير من الآباء الكهنة للخدمة فيه.
أعَدّ قداسة البابا خلال خدمته الأسقفية في البحيرة حوالي اثني عشر كتابًا أغلبها يتم تدريسه في الكلية الإكليريكية وعدد من المعاهد.
