حصل الدكتور أحمد زويل على العديد من الجوائز بسبب إسهاماته العلمية في مختلف المجالات، واستطاع زويل كسب احترام الجميع بسبب اختراعاته، وفيما يلي أبرز الجوائز التي حصل عليها زويل:
* وسام جوقة الشرف من رتبة فارس (2012)
* ميدالية مندل (2012)
* قلادة ديفي (2011)
* قلادة بريستلي (2011)
* الدكتوراة الفخرية من جامعة كمبلوتنسي بمدريد (2008)
* جائزة ألبرت أينشتاين العالمية للعلوم (2005)
* الدكتوراة الفخرية من جامعة بكين (2004)
* عضوية أجنبي في الجمعية الملكية (2001)
* قلادة النيل العظمى (1999)
* جائزة نوبل في الكيمياء (1999)
* وسام بنجامين فرانكلين (1998)
* جائزة إرنست أورلاندو لورنس (1998)
* جائزة ولش في الكيمياء (1997)
* الدكتوراة الفخرية من جامعة لوزان (1997)
* جائزة تولمان (1997)
* جائزة الأكاديمية الوطنية للعلوم في العلوم الكيميائية (1996)
* جائزة وولف في الكيمياء (1993)
* جائزة الملك فيصل العالمية في العلوم (1989)
* زمالة غوغنهايم (1987)
* زمالة الجمعية الأمريكية الفيزيائية (1982)
* نيشان الاستحقاق الوطني من رتبة ضابط
