ولد الأنبا اغاثون، مطران الإسماعيلية ورئيس دير الانبا بولا، في مدينة دسوق عام 1922، وحصل على شهادة معهد التلغراف درس قبلها التوجيهية. عمل موظفًا بالسكك الحديدية، ثم بوزارة التربية والتعليم بمحافظة كفر الشيخ.
خدم في مدارس الأحد بمدينة دسوق، وركز خدمته على القري. تم رسامته قسًا في 24 فبراير عام 1963 مع القس صرابامون السرياني. تم ترقيته إلى رتبة قمص في 6 أبريل عام 1965.
ارتبط الانبا اغاثون بعلاقة وطيدة بالبابا شنودة الثالث -قبل أن يتولى البطريكية وكان اب اعتراف له وهو اسقف التعليم وبدأت العلاقة بعد رسامة الأنبا أغاثون راهبًا بأسبوع واحد. وظل يعترف عند البابا من عام 1958 حتى وفاته في 1999 وكان البابا يستقبله.
وكان أول أسقف عام رسمه في 28 مايو 1972، في يوم عيد العنصرة، وكان أسقفًا عامًا للكرازة. وفي عام 1974
ألتحق الانبا اغاثون بأمانة خدمة دير العذراء السريان بوادي النطرون من عام 1963 حتى 1965، أشرف بعدها على دير طموه بالجيزة وأعاد تعميره وخدم كذلك باسم الكنيسة في إنجلترا وفرنسا بانتداب من البابا شنودة الثالث سنة 1971.
عمل الانبا اغاثون على تغيير اشكال الاحتفالات بأعياد القديسين والموالد الدينية وأشرف على تعمير أديرة الصعيد، ووضع لها نظامًا ماليًا وإداريًا يعمل به حتى الآن.
ومن أهم إسهاماته تعمير دير الأنبا بولا، وأصبح رئيسا الدير مما جعل عدد الرهبان في ازدياد، فاصبح من أربعة رهبان إلى 80 راهبًا حتى منتصف عام 1989، وأنشأ بيت الخلوة واستراحة كبيرة للزائرين خارج الدير.
وقام الانبا اغاثون بسيامة 25 كاهنًا بالإسماعيلية كما أنشأ مستشفى دار الشفاء في حي السلام بمدينة الإسماعيلية، وقام ايضًا بأنشأ دار أيتام وبيوتًا للطلبة والطالبات ودور حضانة بمدينة الإسماعيلية.
تم ترقيته مطرانًا للإسماعيلية في 17 نوفمبر عام 1991.
رحل الانبا اغاثون في 30 مايو 1999 بعدما تعرض لعدد من الأمراض ومنها الحساسية والضغط والسكر وأمراض المريء كذلك أصابته أمراض في عينه. وفي النهاية أصيب بالسرطان، ووُضِع جثمانه في مدفن بدير الأنبا بولا حسب وصيته، بعد أن صلى عليه البابا شنودة الثالث بمدينة الإسماعيلية بجانب 39 مطرانًا وأسقفًا
