ولد الانبا ياكوبوس الثاني، ببلدة المطيعة سنة 1908 مئ وتلقي علومه الابتدائية والثانوية بكلية الأمريكان بأسيوط.
ألتحق بالكلية الإكليركية بالقاهرة في عام 1939م، وتخرج فيها سنة 1942م، ثم ترهب بدير القديس الأنبا أنطونيوس سنة 1942 م، رسم قسًا سنة 1944م، ورقي إلى درجة إيغومانوس في نوفمبر 1945 م، وفي أول مارس سنة 1946 م عُين وكيلًا لمطرانية البلينا، وظل في منصبة هذا حتى رُسم مطرانًا لإبرشية الكرسي الأورشليمي والشرق الأدنى في يوم الأحد أول سبتمبر سنة 1946 م في عهد البابا يوساب الثاني وقسمت إبرشية الكرسى الأورشليمى بعد رحيل الأنبا ثاوفيلس الأول إلى إبروشيتين إبروشية الكرسي الأورشليمي وتشمل القدس وبقية بلاد فلسطين وسيناء وأقطار الشرق الأدني.
أما الثانية بإسم إبروشية الشرقية ومحافظات القناة وتمت رسامته على إبروشية الكرسي الأورشليمي والشرق الأدني، مطرانًا ومنح اسم ياكوبوس الثاني.
و قام بالعديد من الأعمال ففي سنة 1946م شيد ديرًا وغرفًا للحجاج الأقباط على مساحة أرض واسعة على نهر الشريعة كان قد إشتراها المتنيح الأنبا ثاوفيلس الأول ولم يُمهله الأجل ببناء الدير عليها. وفي سنة 1947م إفتتح الكلية الأنطونية القبطية بالقدس، لتعليم أبناء الطائفة القبطية بالقدس بالإضافة إلى أبناء الشعب الفلسطيني والطوائف الأخري.
وافتتح أيضًا في نفس العام كنيسة قبطية في رفح، وفي سنة 1949 م وضع حجر الأساس لكنيسة البشارة القبطية بالناصرة وإشتري قطعة أرض سنة 1951 م بالناصرة أيضًا لعمل بعض المشروعات والأنشطة الروحية، وفي بداية عام 1952 م بدأت البطريركية بالقدس بإصدار مجلة خاصة روحية سُميت " النهضة المرقسية" وفي نفس العام اشتري بعض المنازل ببيت لحم لتكون نواة لبناء كنيسة قبطية وديرًا بجوار كنيسة المهد، وفي سنة 1953م قام بافتتاح كلية الشهيدة دميانة القبطية للبنات بجوار دير مارجرجس للراهبات.
وفي 22 مارس سنة 1956م انتقل إلى في حادث القطار أمام محطة ابا الوقف، وكان معة الراحل الأنبا توماس مطران الغربية.
وقد دُفن جثمان الأنبا ياكوبوس الثاني في عزبة دير القديس الأنبا أنطونيوس ببوش. وظل الكرسي الأورشليمي بعد رحيله فارغا لأكثر من ثلاثة أعوام، نتيجة لعدم تنصيب بطريرك.
