أثار الدكتور جورج حبيب بباوى جدلا واسعا تعود جذوره إلى نصف قرن فقد تحول من معيد بالكلية الإكليركية إلى مطارد بحرمان كنسى دون محاكمة، وصفها إنها محاكمة وهمية طاردته حتى وهو خارج مصر وتحول قربه من رأس الكنيسة إلى فجوة وقطيعة استمرت نصف قرن تمسك فيها بكل سبل الدفاع عن نفسه.
وبدأت رحلة د. جورج حبيب معيدا بالكلية عام ١٩٦١م وصنف من نابغين الكلية الإكليركية وكان مقربا بشدة من الأنبا شنودة أسقف التعليم وقتها وتوطدت العلاقة بينهما بعد تنصيب الأنبا شنودة بطريركا وظهر ذلك في مقالات وصفه فيها د. جورج حبيب بأنه المنقذ ومعلم التقوى والراهب البطريرك ورجاء الأسرة.
ونشرت له عدة مقالات إشادة بالبابا شنودة الثالث واصطحبه البابا في رحلته إلى روما وفى باكورة زياراته للولايات المتحدة الأمريكية وجاء عام ١٩٨٣ م ليبدأ صداما قيل إنه فعليا مع الأنبا بيشوى مطران دمياط وحدث الحرمان الكنسى وهو أقسى عقوبة ينالها خادم بالكنيسة.. سبق الحرمان منع من التدريس في الكلية الإكليركية عام ١٩٨٣م.. بدعوى تأثره بتعاليم غير أرثوذكسية وانضمامه لكنائس أخرى.
الباحث إسحق إبراهيم يرصد نقطة مهمة حدثت أثناء الصدام:
وهى لجوء بباوى إلى القضاء لمقاومة الحرمان الكنسى ويرصد أن حكم القضاء الإدارى بإلغاء حرمان العالم الكبير الراحل جورج حبيب بباوى (الدعوى رقم 16269 لسنة 61ق).
حكم محكمة القضاء الإدارى الدائرة الأولى بمجلس الدول الصادر في 11 يناير 2011 بإلغاء قرار المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية بفرز وعزل جورج حبيب بباوى من الكنيسة القبطية الأرثوذكسية لما نسب إليه من انحرافاته اللاهوتية والعقائدية وتشويه فكر الآخرين. جورج حبيب رفع الدعوى أمام المحكمة الإدارية لإلغاء قرار عزله، وردت الكنيسة الأرثوذكسية وآخرون انضموا إليها بدافعين الأول عدم اختصاص المحكمة الإدارية بنظر الدعوى، حيث إن القرار شأن دينى بحت لا مجال لنظره أمام المحاكم، والدافع الثانى أن جورج حبيب أصبح ليس لديه مصلحة في رفع الدعوى وردت المحكمة على الدافعين بوضوح وتفصيل، وقالت إن بطريركية الأقباط الأرثوذكس من أشخاص القانون العام، وهى تقوم على رعاية المرافق الدينية بحسبانها من الجهات التى تنهض بها السلطة العامة، وقراراتها والجهات التابعة إليها إدارية، ومن ثم قرار المجمع المقدس قرار إدارى ينبغى النظر في شرائط صدوره من حيث الشكل والاختصاص والسبب.
وردت المحكمة على الدفع التانى بأن قرار العزل من شأنه التأثير على الحرية الشخصية والعقيدة الدينية للمدعى (جورج حبيب) وإنشاء مركز قانونى جديد له من شخص ينتمى إلى كنيسة معينة إلى حرمانه من أى رابطة تربطه بالكنيسة، وبالتالى توفر ركن المصلحة في رفع الدعوى.
وأضاف إسحق أن النقطة الأهم في حيثيات الحكم، المحكمة قالت: يجب أن تكون النتيجة التى ينتهى إليها القرار مستخلصة من تحقيق تتوافر له كل المقومات الأساسية للتحقيق القانونى السليم، أولها مواجهة المتهم في صراحة ووضوح بالمآخذ المنسوبة إليه، والوقائع المحددة التى تمثل هذه المآخذ، وأن تتاح له فرصة الدفاع عن نفسه، (حق الدفاع حق دستوري). وأضافت المحكمة «لا يوجد دليل على مواجهة المدعى -جورج حبيب- بالاتهامات المنسوبة إليه، وكان يكفى أن يوجه إليه إخطار بالمثول للتحقيق فيما منسوب إليه، وإذا امتنع عن الحضور كان قد فوت الفرصة للدفاع عن نفسه.
المعارضون نشروا نقاط اتهام د. جورج: منها: الادعاء بأن الإنسان يمكنه أن يصير أقنومًا باتحاده بسائر أعضاء الكنيسة، وأن البشر لهم جوهر واحد مثل الأقانيم في الثالوث، والادعاء باتحاد الطبيعة الإلهية بالطبيعة الإنسانية في سائر المؤمنين مثل اتحاد اللاهوت بالناسوت في السيد المسيح والقول بأن هذا الاتحاد يتم بحلول الروح القدس في الإنسان، والادعاء بأن الإنسان لا يستطيع أن يفهم علاقة الكنيسة بالمسيح إلا من خلال فهمه لعلاقة الرجل بالمرأة فهمًا كاملًا ناضجًا، ومهاجمة السلطان الكهنوتى وسلطان التعليم في الكنيسة، ومهاجمة كل معتقدات الكنيسة الأرثوذكسية بصفة عامة مدعيًا أن التعليم حاليًا بالكنيسة هو تعليم غير مسيحى، مهاجمة مدارس الأحد مع الادعاء بأنها تعلم الأطفال تعليم غير مسيحى، ومهاجمة الصوم أو التحريض على عدم الالتزام بالصوم الذى وضعته الكنيسة، ومهاجمة سر الإفخارستيا حسب معتقد الكنيسة في الوقت الحاضر مع الادعاء ببطلان تعليم التحول الجوهرى تحت أعراض الخبز والخمر.
كما مدح تعاليم أوريجانوس خاصة فيما يختص بخلاص الشيطان التحريض على قبول فكرة الزواج المختلط من غير المسيحيين والتشكيك في أهمية صلوات الإكليل، والتحريض على حضور أفلام عالمية فيها نوع من الشذوذ. والتشجيع على قراءة كتب غير روحية، الهجوم باستمرار على العظات والتعليم الذى يقال في الكنائس، مهاجمة فكرة إيفاء العدل الإلهى بالصليب ورفضه فكرة العقوبة في كثير من التعاليم، الادعاء بعدم معرفة مصير غير المؤمنين، الادعاء بعدم أهمية حالة الإنسان الروحية في وقت انتقاله من العالم، الادعاء بعدم أهمية طلب معونة الله في كل عمل "محتاج لمعونة ربنا في إيه؟؟ مش محتاج لمعونة ربنا". مع تصوير خاطئ لمعنى قول السيد المسيح "بدونى لا تقدرون أن تعملوا شيئًا" عن طريق الادعاء بأننا متحدون بالمسيح، بنفس الصورة التى يتحد بها أقنوم الكلمة مع أقنوم الآب حتى أنه لا يحتاج إلى معونته، والادعاء بأن من ينقاد لإرادة السيد المسيح يكون مثل مطية تنقاد لمن يركبها. وشتيمة جميع المتناولين الذين يتكلون على معونة الله وإرشاده.
الادعاء بأن مارتن لوثر لم يهاجم الكهنوت كما تقدمه المسيحية الحقيقية، ولكنه فقط يهاجم أخطاء الباباوات في عصر الإصلاح، مستخلصًا من ذلك أن مارتن لوثر لم يرفض الكهنوت السليم وهذا غير حقيقى تاريخيا.
ـ الادعاء بأن الكنيسة انحرفت عن تعليم الكتاب المقدس بعد القرن الخامس الميلادى وأن مارتن لوثر هو الذى أعاد للكنيسة عقيدتها المطابقة لتعليم الكتاب المقدس وتعاليم القرون الخمس الأولى.
الادعاء بأن الإنسان بعد المعمودية هو أقدس من مياه المعمودية المقدسة وأقدس من المذبح المدشن بالميرون… إلخ.
ـ اتهام الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بالأريوسية لرفضها فكرة تأليه الإنسان بحلول الروح القدس فيه باتحاد الطبائع كما حدث في السيد المسيح، واتهامها بالنسطورية لأنها برفضها لهذا النوع من الاتحاد في الإنسان المؤمن فإنها تكون على مثال رفض نسطور لفكرة هذا الاتحاد في شخص المسيح.
ـ مهاجمة تعليم الكنيسة بشأن عقيدة التثليث مدعيًا أنها تعتنق نظرية القيمة Theory of Value لأرسطو وهى نظرية خاطئة في نظره.
ـ محاولة إثارة مشاعر الآنسات والسيدات ضد الكنيسة بسبب منع الكنيسة للمرأة عمومًا من دخول الهيكل. والمناداة بإمكانية دخولها أثناء القداس الإلهى في الهيكل الذى توجد فيه الذبيحة. وهو دائمًا يحاول إزالة الفوارق بين وضع المرأة في الكنيسة ووضع الرجل بصورة قد تؤدى في النهاية إلى المطالبة بالكهنوت للمرأة.
ـ الادعاء بأن جميع المؤمنين هم كهنة وأن الفرق فقط هو في القسيسية أو الأسقفية كأحد مواهب الروح القدس ولكن الكهنوت هو للجميع.
الادعاء بأن العلمانية أعظم من الكهنوت، وأنه توجد أبوة للعلمانيين في الكنيسة وهذه الأبوة هى أعظم من الكهنوت.
ـ المطالبة بإلغاء ألقاب قداسة البابا الطقسية في الكنيسة وكذلك إلغاء سائر رتب الإكليروس.
ـ الادعاء بأن تدريس اللاهوت ليس هو من اختصاص الباباوات ولكن من اختصاص العلمانيين وأساتذة اللاهوت.
ـ المطالبة بعدم منع التعاليم المضادة لعقيدة الكنيسة وبعدم محاربة الشكوك بدعوى أن ذلك ضد روح الإنجيل (مدعيًا بأن ترك الزوان ينمو مع الحنطة - مذكور بالإنجيل- يعنى ترك الشكوك والتعاليم الخاطئة).
ـ قبول معمودية البروتستانت وكل معمودية من أى مذهب على اسم الثالوث.
ـ موضوع نظرية الأجساد الثلاثة
ـ أخطاء حول أسرار الكنيسة، تعريفها – عددها
ـ إنكار الكفارة واعتبارها من أفكار العصور الوسطى
ـ الادعاء بأن تعاليم «كالفن» مأخوذة من ذهبى الفم
رد المؤيدون بالقول إن د. بباوى نفى كل ما سبق وأنه حتى رحيله لم تتم محاكمته بل إنه طلب بنفسه محاكمة علنية وليس داخل مجمع أساقفة واستشهدوا بصحة موقفه بالسماح له بالتناول وخروج جثمانه من كنيسة مارمرقس الأرثوذكسية بولاية انديانا التى عاش فيها أغلب فترات حياته.
