اعتمد مجلس الكلية الإكليريكية بالأنبا رويس، العمل بنظام الساعات المعتمدة مع بداية العام الدراسي ٢٠٢٠/ ٢٠٢١، النظام الذي يتطلب للتخرج النموذجي، ١٢٨ ساعة معتمدة، تعادل ٨ فصول دراسية خلال أربع سنوات، بالإضافة إلى تقديم الطالب مشروع تخرج في السنة الرابعة للحصول على درجة البكالوريوس في العلوم اللاهوتية، واستكمالًا للرؤية الجديدة تستعين الكلية بنظام "الأونلاين" في الدراسة حيث تم تدشين موقع للكلية اللاهوتية القبطية الأرثوذكسية.
ونظرًا لظروف جائحة كورونا تم استقبال عدد محدود من الطلاب بعد اجتياز الاختبارات النظرية والمقابلة الشخصية، كما تم إقرار الدراسة عبر الإنترنت بنسبة ٤٠٪ وبالحضور الفعلي ٦٠٪ وذلك لأهمية الجزء التفاعلي في دراسة العلوم اللاهوتية.
وعلى صعيد آخر تسعى الكلية للعمل على عدة محاور أهمها إعداد خريج باحث ودارس روحاني، يحيا بما يعلم به، ويتميز بمهارات البحث العلمي، كما تسعي إدارة الكلية إلى تطوير المنظومة التعليمية داخل الكلية، حيث يتم تطوير وإعادة هيكلة المنظومة من الداخل وإعادة وضع اللوائح الداخلية والتي تتضمن لائحة لشئون الطلبة وأخرى لهيئة التدريس وأيضا للشئون الإدارية لمعادلة الكلية بالكليات المعتمدة والجامعات الدولية.
وقد أولى قداسة البابا تواضروس الثاني اهتماما خاصًّا بالكلية الإكليريكية، فطور المكتبة الخاصة بالكلية وأصبح كل طالب بمجرد التحاقه بها يحصل على رقم عضوية في المكتبة يمكنه من تصفح آلاف الكتب عن طريق تطبيق على هاتفه المحمول، كما تضم الكلية معملًا لدراسة اللغات القبطية والعبرية واليونانية والإنجليزية، ومعامل وتجهيزات أخرى.
