سجل التاريخ بعد عزل رئيس الإخوان المسلمين محمد مرسي وخاصة بعد فض اعتصام رابعة العدوية أكثر الإعتداءات شدة وإجرام على الكنائس المصرية والأقباط لتستخدم الجماعة المحظورة حرق الكنائس وتدميرها كارت لإرهاب المصريين حتى لا يسقط حكمهم.
حيث قام الإخوان المسلمين بحرق عشرات من الكنائس و المبانى الكنسية والخدمية فى جميع المحافظات المصرية فى أوقات متفرقة لتهديد أمن مصر وسلامها واستقرارها ومن ضمن الكنائس في المحافظات المختلفة التى تم حرقها وتدميرها والاعتداء عليها الكنائس الآتية:
- حرق كنائس الجيزة
أحرق الإخوان المسلمين كنيسة الملاك ميخائيل بكرداسة كما قاموا بنهب وسرقة مطرانية أطفيح ودير كرم الرسل، ومحاصرة أكثر من كنيسة وهى كنيسة الشهيدين بصول و كنيسة العذراء بمركز الصف.
- حرق كنائس أسيوط والمنيا وسوهاج والمنيا :
واستمرت إعتداءات وفتنة الإخوان المسلمين حتى وصلت لمختلف الكنائس بالمحافظات المختلفة من أسيوط وسوهاج والمنيا مثل الاعتداء على الكنائس الآتية: مقر مطرانية سوهاج ومبنى الخدمات التابع لها ، كنيسة مارجرجس، ودير العذراء الأثرية ومبنى خدمات، ونهب ممتلكات الكنائس بالأضافة إلى حرق كنيسة خلاص النفوس و كنيسة العذراء والأنبا إبرام، وحرق كنيسة الإصلاح بقرية دلجا بدير مواس وكنيسة الأمير تادرس، والكنيسة الإنجيلية، وكنيسة الأنبا موسى الأسود، وكنيسة مار يوحنا، وكنيسة ماريوحنا المعمدان، وكنيسة الإدفنست، والكنيسة الرسولية، وكنيسة مار جرجس للأقباط الأرثوذكس، وهيكل كنيسة سانت تريز، وكنيسة الملاك و مطرانية الأقباط الارثوذكس بمركز أبو تيج.
- حرق كنائس بنى سويف والفيوم:
كما شهدت كنائس بني سويف والفيوم مزيدا من الحرق والاعتداء فقد رشقت كنيسة مار جرجس الواسطى بالحجار وحرقت مدرسة الراهبات الكاثوليك، بالإضافة إلى حرق كنيسة العذراء بالمنزلة بمركز يوسف الصديق، وحرق كنيسة الأمير تادرس، وحرق جمعية أصدقاء الكتاب المقدس بالأصافة إلى حرق الإرهابيين كنيسة مار جرجس بشارع 23 يوليو بالعريش .
