شهد دير القديسة "دميانة ببرارى"، بلقاس تنشئته ومكان راحته، وجد نفسه بين جدران الدير منذ نعومة أظافره، فعاش الطفل وجيه صبحى باقى، قبل أن يبدأ الخدمة في الكنيسة خلال صيف السنة الأولى من المرحلة الثانوية سنة 1968 في كنيسة الملاك الأثرية في دمنهور، التى كان يزورها البابا شنودة الثالث كل فترة ويقضى فيها فترة كبيرة تصل لأسبوع كامل عندما كان أسقفًا للتعليم حينذاك، حياة تنعم بالهدوء والسكينة تلقي فيها العلم والدروس وزرع فيه البابا شنودة روح العطاء والسلام، فبدأ الخدمة عام 68 والتحق بالدير 86 والأنبا باخوميوس اختار له اسم "ثيؤدور"، وظل مرافقا له الاسم فترة كبيرة، وكان محبوبًا من الجميع، مبتكرًا في أسلوب خدمته، وكان يسير أحيانًا على قدميه مسافة 3.5كم في طريق ترابى حتى يتفقد بعض الأسر القبطية أو يعطى دروسًا في مدارس الأحد للأطفال، وكان رفيقه في هذه الرحلة القمص بولا إسحق كاهن كاتدرائية العذراء مريم، والقديس إثناسيوس الرسولى بدمنهور، اللذان كانا يخدمان معًا فيما يعرف بخدمة الحقول، ويخرجان في قوافل روحية تنظمها الكنيسة يومى الاثنين والأربعاء من كل أسبوع.
وعندما تمت رسامة الأنبا باخوميوس أسقفًا على إيبارشية البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية على يد البابا شنودة الثالث في ديسمبر 1971، اختار الأسقف الجديد كنيسة الملاك ميخائيل مقرًا لإيبارشيته التى لا مقر لها، ومن هنا تعرف على الشاب وجيه الذى كان وقتها في كلية الصيدلة بجامعة الإسكندرية، ورأى فيه عدة مواهب منها تميزه بالابتكار، وروح القيادة، حتى أصبح أمينًا للخدمة بالكنيسة عام 1975، وسيم في نفس العام أغنسطس وهى إحدى رتب الشماسة بالكنيسة ومعناها قارئ.
فكل من كان معه وبصحبته يعرف جيدا عن حبه الجم للبابا شنودة ورغبته في الالتحاق بالدير والرهبنة، وهى الرغبة التى تفجرت حينما كان في الصف الثانى الثانوى عام 1969، وتأثر وقتها بكتاب بستان الرهبان، فضلًا عن احتكاكه بالأنبا أندراوس أسقف ورئيس دير القديسة دميانة الذى قادته الصدفة في 1972 ليجرى معه حوارًا نشره في جريدة الحائط بدمنهور، وكان آخر حوار للأسقف قبل وفاته.
وبعد تخرجه أراد أن يذهب إلى الدير، إلا أن القمص ميخائيل جرجس صليب، كاهن كنيسة الملاك ميخائيل في دمنهور الذى كان أب اعتراف وجيه نصحه بالانتظار لأنه العائل الوحيد لأسرته، فهو ولد في أسرة مكونة من أم أرملة وشقيقتين في مراحل الدراسة، وطالبه بألا يتخذ هذه الخطوة إلا بعد تخرج شقيقته هدى من الجامعة والزواج.
كانت أخته وراء الكثير من قراراته ففجأة جاءت الرياح بما لا تشتهى السفن، فبعدما تخرجت شقيقته وتزوجت، وأراد الذهاب إلى الدير توفى زوج هدى في حادث بعد شهرين من الزفاف واكتشفت شقيقته أنها حامل، ومرت الأيام حتى وضعت شقيقته ابنها ميناس، وذهب هو في بعثة للحصول على زمالة هيئة الصحة العالمية في إنجلترا سنة 1985، وبعدما عاد من البعثة فتح موضوع الرهبنة وشجعته شقيقته هدى وجهزت له حقيبة ملابسه التى أخذها إلى الدير، ورغم موافقة والدته على الرهبنة إلا أنه لم يخبرها يوم أن ترك البيت وذهب لدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون يوم الأربعاء الموافق 20 أغسطس 1986.
ترك "وجيه" البابا تواضروس، الدنيا وقدم استقالته من عمله كمدير لمصنع أدوية في دمنهور، وتم ترسيمه كطالب رهبنة في الدير تحت الاختبار، يوم 25 سبتمبر 1986، حتى وافق الدير على رسامته راهبًا، يوم 18 يوليو 1988 هو و4 من طالبى الرهبنة الآخرين على يد البابا الراحل شنودة الثالث، لكن لأول مرة في الكنيسة والأديرة القبطية يتم إلغاء طقس الرهبنة بسبب الزحام الشديد الذى كان موجودًا في الدير ما جعل دخول البابا لترؤس صلوات الرسامة شيئًا صعبًا، ولكن بعد أسبوعين وتحديدًا يوم الأحد الموافق 31 يوليو عام 1988 تم طقس رسامته راهبًا بيد البابا شنودة وتمت عليه صلوات التجنيز، وغيَّر اسمه إلى الراهب ثيؤدور الأنبا بيشوى وهو الاسم الذى اختاره له الأنبا باخوميوس.
وبعد الرهبنة أصبح مسئولًا عن استقبال الزوار في الدير رحلات، أفراد، معرفة الدير وتاريخه، وظل ثيؤدور داخل جدران الدير لمدة 4 سنوات، منها عامان طالب رهبنة، وعامان راهبًا، قبل أن يخرج خارج أسواره للخدمة الكنسية مجددًا.
شهد يوم السبت 23 ديسمبر 1989، رسامته قسا ثم انتقل للخدمة بمحافظة البحيرة بعد رسامته كاهنًا بشهرين يوم الخميس الموافق 15 فبراير 1990، وظل يخدم ككاهن راهب في إيبارشية البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية 7 سنوات، وكانت قلايته فوق قلاية الأنبا باخوميوس.
وكلفه أسقف الإيبارشية وقتها بمسئولية خدمة الشباب والخدام، دون أن يدخله في دوامة الافتقاد وغيرها من الأعمال الرعوية كالجنازات والأكاليل، وانصب عمل الراهب القس ثيؤدور على إعداد الخدام والتربية الكنسية لمدارس الأحد، قبل أن يدرس مادة العهد الجديد في الكلية الإكليريكية بدمنهور، وسافر كراهبٍ إلى الخارج 3 مرات منها مرتان عامى 1990 و1993 إلى قبرص لحضور لقاءات مسكونية في مجلس كنائس الشرق الأوسط، حول «الكنيسة والتنمية»، والمرة الثالثة عام 1995 عندما سافَر إلى ليبيا، لمساعدة المشاركين في الخدمة بطرابلس وبنغازى.
