خاض فريق الزمالك في تاريخه 12 مباراة نهائية على الصعيد الإفريقي عبر تاريخه منذ أول نهائي عام 1984، تمكن من تحقيق 9 ألقاب في على صعيد دوري الأبطال وكأس الكؤوس والسوبر الأفريقي، بينما يخوض أول نهائي الكونفيدرالية في تاريخه بحثا عن اللقب الأول.
ولعب الزمالك أول نهائي عام 1984 في دوري أبطال إفريقيا أمام فريق شوتنج ستارز النيجيري، وفاز في الذهاب بالقاهرة بهدفين دون سجلهما جمال عبدالحميد وفاز في لاجوس بهدف نظيف أحرزه النيجيري أوبينج في مرماه ليحقق أول لقب قاري.
وفي عام 1986 خاض الأبيض النهائي الثاني أمام أفريكا سبورت الإيفواري في دوري أبطال إفريقيا ايضا، وفاز في القاهرة بهدفين للنجم أيمن يونس، وخسر في أبيدجان بنفس النتيجة، قبل أن يحقق اللقب بركلات الترجيح 4-2.
وواصل الزمالك النهائيات الإفريقية بعد غياب 7 سنوات وتحديدا عام 1993 في دوري أبطال إفريقيا والتقى مع فريق كوتوكو الغاني وتعادلا في المباراتين سلبيًا، قبل أن يحقق الفارس الأبيض اللقب الثالث في "الشامبيونزليج" بركلات الترجيح 8-7، ويحتفظ بالكاس مدى الحياة.
وفي العام التالي كان الزمالك على موعد مع أول خسارة لمباراة نهائية في تاريخه القاري بعد أن خسر اللقب أمام الترجي التونسي بعد التعادل السلبي في القاهرة، والهزيمة في تونس 3-1، ليفشل الابيض في أول نهائي.
واستعاد الزمالك سطوته في إفريقيا عام 1996 بعد أن حقق لقب دوري أبطال إفريقيا على حساب فريق شوتينج ستارز النيجيري بركلات الترجيح 5-4 عقب الفوز في القاهرة 2-1، والخسارة في نيجيريا بنفس النتيجة ليحقق اللقب الخامس.
وبعد 6 أعوام حقق الفريق الأبيض اللقب الخامس والأخير في دوري الأبطال، بعد الفوز على الرجاء البيضاوي المغربي حيث انتهى لقاء الذهاب في المغرب بالتعادل السلبي، قبل أن يفوز بالقاهرة بهدف أحرزه تامر عبدالحميد ليحقق اللقب الإفريقي الخامس.
وبعد غياب 14 عاما عن نهائي دوري أبطال إفريقيا عاد الزمالك للنهائي من جديد في 2016 حيث وصل للنهائي أمام صن دوانز الجنوب أفريقي وخسر في بريتوريا 3-0 وفاز على ملعب برج العرب 1-0، ليخسر الأبيض اللقب.
وخاض الزمالك مباراة نهائية واحدة في بطولة كاس الكؤوس الإفريقية عام 2000 حيث واجه فريق كانون ياوندي الكاميروني وفاز الأبيض في القاهرة 4-1 أحرزها حسام عبدالمنعم وطارق السعيد وعبدالحميد بسيوني وعبداللطيف الدوماني، وخسر في ياوندي 2-0، ليتوج باللقب الإفريقي السادس.
وعقب الفوز بالألقاب في دوري أبطال إفريقيا وكأس الكؤوس الإفريقية خاض الزمالك مباراة السوبر الإفريقي 4 مرات، تمكن من تحقيق اللقب 3 مرات وخسر مرة واحدة، وكان أول فريق مصري يفوز بالسوبر عام 1994 على حساب غريمه الأهلي بهدف "القناص" أيمن منصور في المواجهة التي اقيمت في جوهانسبيرج بجنوب إفريقيا.
وفي عام 1997 حقق اللقب الثاني في السوبر على حساب فريق مصري وهو المقاولون العرب بركلات الترجيح 4-2 بعد التعادل السلبي في المباراة.
وكان الفريق على موعد مع خسارة أول مباراة سوبر عام 2001 أمام هارتس أوف أوك الغاني بطل دوري الأبطال بنتيجة 2-0، وبعدها بعامين فقط استعاد الفارس الأبيض اللقب وتحديد عام 2003 بالفوز على الوداد المغربي 3-1 وأحرز ثلاثية الزمالك محمد عبدالواحد وحازم إمام وعبدالحليم علي.
