مراحل عديدة مر بها الكرسى البطريركى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، فكانت الإسكندرية هى المقر الأساسى لكرسى مار مرقس الرسولى التقليد المسيحى المكان الذى استشهد فيه رسول أو تلميذ المسيح، هو مقر الكرسى، والكنيسة القبطية هى الكنيسة التى أسسها مرقس الرسول الذى استشهد فى الإسكندرية وتعتبر الإسكندرية هى عاصمة الكرازة المرقسية عامة ومقرًا للرئاسة الدينية.
وظلت الإسكندرية من القرن الأول الميلادى حتى القرن الحادى عشر الميلادى هى مكان ومقر الكرسى الرسولى، نظرًا لوجود رفات القديس مارمرقس الرسول بها، وفى القرن الحادى عشر، وفى عهد البابا خريستوذولوس البطريرك الـ66 «1040 - 1077م» نقل مقر الكرسى إلى كنيسة المعلقة بمصر القديمة.
ونقل إلى كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة منذ القرن الرابع عشر، ثم نقل الكرسى إلى كنيسة السيدة العذراء حارة الروم فى الفترة من «1660 وحتى 1800»، وفى عام 1799م نقل إلى الأزبكية بالكنيسة المرقسية وظل فيها حتى سنة 1964م.
وقد أصبحت كاتدرائية القديس مرقس القبطية الأرثوذكسية بالأزبكية المقر الباباوى فى القاهرة فى عهد البابا مرقس الثامن البطريرك الـ108، وأكمل بناءها البابا كيرلس الخامس، وقام البابا كيرلس السادس بترميمها وكان قد مر على بنائها مئة عام، وزينت بالرسومات الجميلة.
وفى عهد البابا كيرلس السادس البطريرك الـ116 على سدة مارمرقس تم بناء الكاتدرائية الحالية كاتدرائية القديس مرقس القبطية الأرثوذكسية والموجودة بمنطقة دير الأنبا رويس بالعباسية، وقد تم افتتاح الكاتدرائية بحضور البابا كيرلس السادس والرئيس المصرى الراحل جمال عبدالناصر وكذلك الإمبراطور هيلاسيلاسى إمبراطور إثيوبيا فى ذلك الوقت.
وتم إحضار جزء من جسد القديس مار مرقس الإنجيلى والذى كان محفوظً بالفاتيكان والذى أهداه بابا روما إلى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى مصر، ودفن أسفل الكاتدرائية.
