فى الجهة الشرقية للكنيسة المرقسية بالأزبكية توجد كنيسة باسم «الشهيد إسطفانوس»، وقد أمر البابا كيرلس الرابع بإنشائها أثناء بناء مدرسة الأقباط الكبرى الثانوية، والتى افتتحها البابا عام 1855م، مساحة الكنيسة حوالى 220 مترا، ولها ثلاثة مداخل فى الناحية الغربية، وبها ثلاثة هياكل؛ الأوسط حمل اسم إسطفانوس وحبيب جرجس، والبحرى باسم الشهيد مار مينا والبابا كيرلس، والقبلى باسم العذراء مريم.
وقام البابا كيرلس الرابع بإنشاء مدرسة الأقباط الكبرى الثانوية بجوار الكنيسة المرقسية، وجعل التعليم بها مجانا لكل الطبقات وافتتحها رسميا 1855م بحضور وجهاء الدولة، وكان البابا يجلس بنفسه وسط الطلبة ويستمع للشرح ويناقشهم.
