استغرق بناء مدرسة سان مارك بشكل معمارى متميز نحو ثلاث سنوات من ١٩٢٥، الى ١٩٢٨. حيث وضع حجر الأساس فى ١٦ مايو ١٩٢٦. بحضور الأمير عمرباشا طوسون ممثلا للسلطان فؤاد وحسين صبرى باشا حاكم الإسكندرية آنذاك، وهنرى جيلارد الوزير المفوض الفرنسى إلى القاهرة، آندريه كاسولو المفوض الرسولي، وفريدريك جوريو قنصل فرنسا بالإسكندرية، حيث افتتحت فى ٦ أكتوبر ١٩٢٨م. وتم بناء كنيسة الرهبان اللاساليين كملحق فى المدرسة، كما تضم المدرسة أيضا مصلى صغيرا. فى العام ١٩٢١ طلب مجموعة من الرهبان اللاساليين الكاثوليك العاملين فى مدرسة فى منطقة المنشية من السلطان فؤاد، سلطان مصر آنذاك والملك فؤاد الأول فى وقت لاحق، أن يقوموا ببناء مدرسة جديدة ذات مساحة أكبر لمواجهة تزايد أعدد التلاميذ المنتسبين الى المدرسة التى يديرونها، فوافق السلطان فؤاد على طلبهم وتم اختيار الموقع فى منطقة بشرق وسط المدينة وهى منطقة الشاطبي. وتقول مجلة l’illustration الفرنسية فى تقرير لها إنه فى يوم ٦ أكتوبر قام ملك مصر فؤاد الأول يرافقه عدد من الوزراء والعسكريين بزيارة إلى الإسكندرية لافتتاح كلية سان مارك الجديدة التابعة لرهبان المدارس المسيحية الكاثوليكية، وبهذا قدم ملك مصر دليلا قاطعا على اهتمامه بكل ما يدعم التطور الفكرى والثقافى للشباب فى إطار اهتمام فرنسا بنشر الثقافة الفرنسية فى مصر والعالم. وتقول المجلة إن بداية المدارس المسيحية التى أنشأها الرهبان فى مصر كانت عام١٨٤٧، حينما أقاموا أول مدرسة لهم فى الإسكندرية، وقد وصل عدد منشآتهم فى مصر حتى الآن إلي ٣٢ مدرسة يتلقى فيها ١٠ آلاف طالب تعليما فرنسيا راقيا يتماشى مع احتياجات البلاد وعلى كل الدرجات وصولا إلى كليات الحقوق والأشغال العامة أو الهندسة فى باريس نفسها. (أى أنه كان بإمكان الطلبة فى المدارس الفرنسية فى مصر استكمال تعليمهم فى الكليات الفرنسية). كان نصيب الإسكندرية وحدها من هذه المدارس ١٢ بيتا أو مدرسة تقدم الخدمات التعليمية لأربعة آلاف طالب، ومع تزايد الإقبال على هذه المدارس الفرنسية استدعت الحاجة الى إنشاء مدرسة على أحدث الطرق الحديثة لاستيعاب المزيد من الطلاب فكانت مدرسة سان مارك التى يتم افتتاحها هذه الأيام.. وتضيف المجلة فى تحقيقها أن تصميمات المشروع تم وضعها بواسطة عدد من المهندسين هم أم. أم آزيما، وجي. بارك، وهاردى وهم أعضاء المكتب الهندسى الذى فاز بتصميم وإنشاء المحكمة المختلطة فى القاهرة. وقد استغرق البناء ٣ سنوات، وتم وضع حجر الأساس فى ١٦ مايو ١٩٢٦ وانتهى العمل فى ١ أكتوبر ١٩٢٨، وقد قام المعماريون بتصميم الواجهات بشكل يوحى بالقدم ويحاكى المبانى الأثرية باستخدام الحجارة الأنيقة بشكل متناغم، ولتحاشى كثرة استخدام الأعمدة فى صالة الاجتماعات الموجودة فى الدور الأول من الجناح الرئيسى تم استخدام أنواع من الخرسانة المسلحة لتحتمل وزنا لا يقل عن ٧٢٠ طنا، وكل ذلك تم تحت إشراف المهندس هبرت أحد خريجى مدرسة البوليتكنيك فى باريس. تقع الكلية فى منطقة الشاطبى وعند بنائها لم تكن توجد أى مبان ملاصقة أو مطلة بشكل مباشر على الكلية، تطل الكلية على شارع بورسعيد وهو من أطول شوارع الإسكندرية، وقرب طريق الجيش على كورنيش الإسكندرية، كما تجاور الكلية مباشرة محطتا ترام «الشاطبى» والجامعة ومسرح بيرم التونسى ومبانى كلية الهندسة التابعة لجامعة الإسكندرية الحكومية، كما يقام بحديقة الكلية الكبيرة بشكل سنوى السيرك العالمى بالإسكندرية. ومن أشهر خريجى المدرسة د. عصمت عبد المجيد، الأمين العام السابق للجامعة العربية والفنان رشدى أباظة ودودى الفايد نجل الملياردير محمد الفايد ورشيد محمد رشيد، وزير الصناعة السابق.
