تأسس المجلس الملى بعد أن انتقلت رياح التغيير من الوطن إلى الكنيسة العتيدة فى ١٨٧٢، وانتخب أعضاؤه فى ١٦ يناير ١٨٧٤، واختير بطرس غالى باشا وكيلا للمجلس، حيث كانت الرئاسة للبطريرك، وأصدر الخديوى أمره باعتماد تشكيله، وبدأ المجلس يباشر مهامه فى فبراير ١٨٧٤، وهو الذى إختار كيرلس الخامس بطريركا، خلفا لديمتروس فى عام ١٨٧٥.
ورأى كيرلس الخامس أن المجلس يمثل اعتداء على سلطاته، فحل المجلس فى ١٨٧٥، وسعى بطرس غالى لدى الدولة فى هذا الشأن، حتى صدر الأمر العالى فى ١٣ مارس ١٨٨٣ بتشكيل المجلس الملى مرة أخرى، وأعيد انتخاب بطرس غالى وكيلا له فى ١٤ مايو ١٨٨٣.
ويتكون المجلس من أربعة وعشرين عضو من العلمانيين، يقوم الأقباط بانتخابهم من الرجال والنساء، ويرأسهم بابا الكنيسة القبطية الأرثوذكسية.
اختلف الأمر بعد ثورة ١٩١٩، فقد استوعبت الحركة الوطنية جانب التنوير الفكرى والإصلاح الدستوري، وفى أول دوريات البرلمان الائتلافى الوفدى الدستوري، تقدم د. سوريـال جرجس، عضو مجلس الشيوخ، بمشروع قانون لتعديل لائحة المجلس الملي، ونص اقتراحه على إلغاء التعديلين الذين أدخلهما كيرلس الخامس فى ١٩٠٨/ ١٩١٢، والعودة إلى لائحة ١٨٨٣، واعترض الأنبا لوكاس، مطران قنا وعضو مجلس الشيوخ، وبعد مناقشة له من ٣٠ مايو ١٩٢٧، وحتى ٢٥، ٢٦ يونيو ١٩٢٧، صدر القانون فى ٢٢ يوليو برقم ١٩ لسنة ١٩٢٧، وبعد أن أدخل عليه تعديل بناء على رغبة البطريرك تخص شروط أصحاب الأوقاف «الواقفين»، وأجريت الانتخابات للمجلس الملى وفق القانون فى ٣٠ ديسمبر ١٩٢٧، وانتخب النواب الاثنا عشر، إضافة إلى الأعضاء الاثنا عشر، وكان أغلبهم من الوفديين أنصار الإصلاح، إلا أن رجال الدين عطلوا تطبيق القانون، وانتهى الأمر باجتماع مشترك للمجلس فى ١٩ نوفمبر ١٩٢٨ بناء على قرار أصدره محمد محمود باشا، رئيس الوزراء فى ذلك الوقت، ببقاء الحق للبطريرك فى تعيين رؤساء الأديرة أو أن تؤلف «لجنة أوقاف الأديرة» من البطريرك أو نائبه رئيسا، وستة أعضاء، أربعة من المجلس الملى واثنان من المطارنة يختارهما البطريرك سنويا، واستقال احتجاجا على ذلك خمسة من أعضاء المجلس الملى المنتخب، إلا أن القرار صدر، ورغم ذلك لم ينفذه رجال الدين، إلى أن حدثت حوادث بدير المحرق، يصفها المستشار جندى عبد الملك بأنها «مخزية»، ويكشف فى مقالة بصحيفة مصر عن «الفوضى التى تفشت فى الدير»، ولم يستطيع المجلس الملى السكوت على ذلك، واستحال التفاهم مع البطريرك الجديد «يؤانس»، إلا أنه أصدر قرارا فى ١٥ يونيو ١٩٣٧ يعدل فيه قراره السابق الصادر فى نوفمبر ١٩٢٨، واعتباره لاغيا.
واشتد الصراع بين رجال الدين ضد لائحة ١٨٨٣، والقانون ١٩ لسنة ١٩٢٧، متمسكين دائما بالقوانين التى صدرت لصالحهم فى ١٩٠٨، ١٩١١، وترجح الكفة دائما لصالح المجلس الملى فى ظل حكومات الوفد فى ١٩٤٢، ١٩٤٥، ١٩٥٠، ويتشدد رجال الدين فى ظل حكومات الأقليات، إلا أنه وفى كل الأحوال، فإن لائحة ١٨٨٣، أو القانون ١٩ لسنة ١٩٢٧ لم يطبق ولو لعام كامل منذ ١٨٨٣، وحتى قيام ثورة يوليو ١٩٥٢.
ولذلك كانت دورات المجلس الملى المتعاقبة فى عهد البابا المتنيح شنودة الثانى تخلو من أى نزاع، مجرد آلية تنفيذية، إصدار بيانات وفقط، حتى أن انتخابات المجالس فى عهدة كانت تتم بقوائم متفق عليها مع المقر البابوي.
شهدت الكنيسة فى عهد البابا الراحل شنودة الثالث العديد من الخلافات ما بين العلمانيين والإكليروس «رجال الدين» خلصت إلى أن من يتقدم للترشح للمجلس الملى أشترط أن يكون حائزا على درجة من درجات الشموسية ليصبح عضوا، الأمر الذى قابله العلمانيون بالغضب وقتئذ.
ومن ثم المطلوب إعادة النظر فى مجمل علاقة الكنيسة بالعلمانيين، وبالمسألة التمثيلية، وباسم ومهمة ولائحة هذا المجلس، وقاعدة الناخبين، ومكانة الشباب، لذلك لابد من عقد مؤتمر موسع علمى تناقش فيه حزمة من الأوراق والأفكار من أجل وضع الخمرة الجديدة فى زق جديد.. وفق معطيات عصر المواطنة وليس عصر الملك.
