فى عهد البابا كيرلس الرابع إبان حكم الخديوى سعيد للبلاد، حصل الأقباط على امتيازات لم تكن موجودة من قبل؛ فقد سمح الخديوى بترميم الكنائس المهدمة، فى عهده سمح للأقباط لأول مرة ببناء كنيسة فى طنطا، وعين مسيحى أرمنى كحاكم إقليم لأول مرة.
وفى ديسمبر ١٨٥٥م أصدر سعيد باشا أمرًا بإلغاء الجزية على الأقباط، ولأول مرة يعين مسيحى حاكما على إقليم مصوع بالسودان. وسمح للجنود المسيحيين المصريين أن يمارسوا ديانتهم المسيحية علانية. وفى عام ١٨٥٥ وافق سعيد باشا على إنشاء كلية للأقباط الأرثوذكس، وقد أنشأت الكلية فى حارة النصارى.
