منذ عام ٢٠٠٠، قرر المجمع المقدس برئاسة الراحل البابا شنودة الثالث، وحضور ٧٦ عضوًا، بالإجماع «إيقاف الأنبا أمونيوس عن عمل الأسقفية، مع إقامته فى ديره، وعدم ذهابه إلى إيبارشية الأقصر إلى أن تصدر من المجمع قرارات أخرى، مع ندب نائب بابوى لإدارة الإيبارشية».
الأنبا أمونيوس، الذى عينه البابا شنودة نائبًا بابويًا لإيبارشية الأقصر عام ١٩٧٤ من مواليد ٢٢ يناير، مركز المراغة بمحافظة سوهاج، وحصل على بكالوريوس الطب البيطرى فى عام ١٩٧٦، وترهبن فى دير الأنبا بيشوى العامر بوادى النطرون باسم الراهب القس أنجيلوس الأنبا بيشوى.
أسقف الأقصر كان ضمن المعتقلين فى حملة سبتمبر الشهيرة، والذى اعتقل فيها الرئيس الراحل أنور السادات عددا من المفكرين، والقيادات الدينية منهم بطريرك الكنيسة الراحل البابا شنودة الثالث، وعقب عزله فى عام ٢٠٠٠ تم عمل لجنة بابوية مشكلة من قبل قداسة البابا، ومكونة من الأنبا يؤانس سكرتير البابا، والأنبا هيدرا أسقف أسوان والأنبا بيمين أسقف نقادة وقوص والأنبا بولا أسقف طنطا.
وسيمه البابا شنودة أسقفًا فى يونيو ١٩٧٦، على مدينة الأقصر وأرمنت، وكان خادمًا بالتربية الكنسية حتى عام ١٩٧٢، وبعد ٢٤ عامًا من سيامته أسقفًا تم استبعاده بقرار من المجمع المقدس بعد توجيه تهم إليه بارتكاب تجاوزات.
وعقب عزله، رفع المجلس الملى لأيبارشية الأقصر وأسنا وأرمنت استغاثة إلى البابا شنودة، يطالبونه بإرسال لجنة من مجموعة من الآباء المطارنة أعضاء المجمع المقدس، لإجراء استفتاء على حب شعب الأقصر وأسنا وأرمنت للأنبا أمونيوس، ورغبتهم فى عودته إلى الأقصر أم لا، على أن يكون المجلس الملى وشعب الإيبارشية أول الملتزمين بنتيجة هذه اللجنة المحايدة.
وعقب تولى البابا تواضروس، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، سدة مار مرقص، بحث أزمة الأساقفة المستبعدين، فى جلسة المجمع المقدس فى يونيو ٢٠١٣، وهم الأنبا تكلا أسقف دشنا، والأنبا متياس أسقف المحلة، والأنبا أمونيوس أسقف الأقصر، عقب عرض اللجنة المشكلة لبحث أزمتهم لتقاريرهم.
وفى النهاية، قررالمجمع المقدس عودة الأنبا تكلا، فيما قام الأنبا بيشوى، مطران دمياط، بعرض الأخطاء اللاهوتية والعقائدية والطقسية للأنبا متياس أسقف المحلة، ليؤكد ضرورة التصويت لاستمرار استبعاده، وتم اتخاذ قرار برفض عودته للإيبارشية، وقرر المجمع المقدس تفويض البابا تواضروس لاختيار أسقف للمحلة.
فيما شهدت جلسة المجمع مشادة أخرى، عقب بحث عودة الأنبا أمونيوس أسقف الأقصر المستبعد، ليقرر المجمع المقدس إنهاء عمل اللجنة البابوية المشرفة على الإيبارشية وتفويض البابا تواضروس لاختيار راهب أو أسقف لرعاية الإيبارشية.
وبالرغم من حب شعب الأقصر للأسقف المعزول، واستمرار قرار استبعاده عن منصبه، إلا أن شعب المدينة يذهبون لزيارته باستمرار، فى مقر احتجازه بالدير، ومطالبته بالرجوع إلى الأقصر مرارًا وتكرارًا،غير أن طلبهم كان ومازال يقابل بالرفض.
