يرتبط تاريخ الكنيسة منذ بنائها بتاريخ بيت لحم، فهى بمثابة قلب المدينة النابض، ففى عام ٣٣٦ م كان أول بناء مقدس أقيم فى البلدة من أعمال قسطنطين، وشيده كما يروى يوسابيوس الفلسطيني، مطران قيصرية، هناك حيث تقوم تلك المغارة المقدسة القديمة التى غطاها سابقه الإمبراطور أدريانوس بالتراب ٥٤٠ م.
وجمَّل الإمبراطور جوستنيان البناء محسنا المخطّط والبناء بشكل ملحوظ (فقد رفع الأرضية وغطى فسيفساء البناء السابق)، وحافظ البناء الجديد على خطوطه الأساسية حتى يومنا هذا، وفى ٦١٤ م، وقبل الفتح العربى بأعوام قليلة، نجت البازيليك من الدمار على أيدى كسرى بسبب طرفة مثيرة، فقد كان على حائط بازيليك الميلاد فسيفساء تمثل سجود المجوس بثيابهم الفارسية التقليدية للطفل يسوع، وقد تعرف الغزاة على ثياب أجدادهم فاحترموا البناء ولم يهدموه، وعندما ينظر الواقف فى ساحة المهد وسط بيت لحم إلى كنيسة المهد وملحقاتها من الخارج فإنها تبدو له كحصن أو قلعة أكثر منها مكانا للعبادة.
وكان لهذه الكنيسة الضخمة فى البداية ثلاثة مداخل، ولكن اثنين منهم أغلقا ولم يبق سوى مدخل واحد، وهو مدخل متواضع بالنسبة لبناء تزيد مساحته الكلية على ١٢.٠٠٠ متر مربع، ويبلغ طول الكنيسة من الداخل ٤٥ م، وعرضها ٢٦ م، وارتفاعها ١٥ م، ويعلوها سقف من خشب البلوط الإنجليزى المتين الذى أهداه الملك إدوارد الرابع للكنيسة، أما ارتفاع الباب الخارجى فلا يزيد على ١٢٠ سم، وعرضه ٧٨ سم فقط، وكان هذا الباب أكبر حجمًا بكثير فى الماضى حيث بلغ ارتفاع ٣ أمتار فى كنيسة الإمبراطور الرومانى جستينيان، ويمكن مشاهدة القوس الأصلى له اليوم بوضوح،
وتم تصغير باب كنيسة المهد أول مرة فى عهد الصليبيين، ومرة أخرى فى الفترة العثمانية، واختلفت الآراء فى سبب تصغير حجم الباب إلى هذا الحد، فيقال مثلا أن القصد من ذلك كان إجبار الجنود المماليك على الترجل عن خيولهم قبل دخول الكنيسة، أو لإجبار جميع الزوار على الانحناء احترامًا لقدسية المكان قبل دخول الكنيسة، ولكن الاحتمال الأقوى أن التصغير جاء لأن ساحة المهد كانت فى الماضى تستخدم كسوق تجارية، ويأتى إليه الناس بحيواناتهم لبيع منتجاتهم الزراعية، ولمنع الحيوانات السائبة فى السوق من دخول الكنيسة بطريق الخطأ، ليتم تصغير الباب الرئيسى.
وشيدت بازيليكا المهد فوق مغارة المهد التى ولد فيها السيد المسيح حسب التقاليد المسيحية، وتنقسم البازيليكا إلى صحن رئيسى وصحنين صغيرين يفصل بينهما صفان من الأعمدة الذهبية اللون، تعلوها تيجان كورنثية جميلة، وأرضية الكنيسة الأصلية مبلطة برسوم فسيفسائية جميلة من عهد الإمبراطور جستينيان، وربما من عهد الملكة هيلانة، ولكن الجزء الأعظم من هذه الأرضية مغطى اليوم، والجزء الوحيد المكشوف من هذه الأرضية الفسيفسائية مغطى بحماية خشبية لمنع الزوار من السير عليه وتدميره، واكتشف هذا الجزء مصادفة عام ١٩٣٤ م أثناء تنفيذ عمليات ترميم وصيانة فى الكنيسة.
وفى مقدمة المهد قرب المذبح مدخلان يؤديان عبر صفين من الأدراك الحجرية إلى المغارة التى هى عبارة عن سرداب يبلغ ارتفاعه ٣ م، وطوله ١٢ م، وعرضه ٣ م. وتشير نجمة بأربعة عشر رأسا إلى الموقع الذى يعتقد أن السيد المسيح ولد فيه، وقد كتب عليها عبارة تقول: «هنا ولد يسوع المسيح لمريم العذراء»، وهناك١٧ قنديلًا مضاءة بالزيت تنير المكان ليلا ونهارًا، ووضعت النجمة الأصلية هنا من قبل الكنيسة الكاثوليكية عام ١٧١٧ م ولكنها أزيلت على يد الكنيسة الأرثوذكسية عام ١٨٤٧ م، واستبدلتها الحكومة العثمانية عام ١٨٥٣ م. وهناك مغارة صغيرة أخرى على يسار مغارة المهد تسمى مصلى المذود، وتعد كنيسة المهد من أقدم الكنائس فى العالم، ولو أنها ليست الأجمل.
تم تصغير باب كنيسة المهد أول مرة فى عهد الصليبيين، ومرة أخرى فى الفترة العثمانية، واختلفت الآراء فى سبب تصغير حجم الباب إلى هذا الحد.
