عاصر البابا ثيؤدسيوس الثاني، الملك الناصر محمد بن المنصور قلاوون الألفى، ليخلف البابا يوحنا السابع، بعد خلو الكرسى المرقسى سنة واحدة وثلاثة أشهر ونصف الشهر. ووفد أساقفة جميع الإيبارشيات إلى البطريركية، واستدعوا الأراخنة وبحثوا عمن يليق بهذه الرتبة الكهنوتية، ووقع اختيارهم على الراهب ثيؤدوسيوس من دير أبوفانا، وكان اسمه قبل الرهبنه عبدالمسيح بن رويل وهو من منية خصيب.
وتم تجليسه بطريركًا عام ١٢٩٤ وسموه الأنبا ثيؤدوسيوس بن أبو مكين الإفرنجى، ولم يكن البطريرك معروفًا لدى الأقباط، ويقول ابن المقفع فى كتابه «تاريخ البطاركة»، وظل الشعب القبطى مدة لم يذكروا اسمه وكانوا يذكرون البطريرك الذى قبله، وذكر أنه أخذ البطريركية بما يخالف الناموس والشريعة، وكان محبًا لأخذ الرشوة وحدث فى أيامه غلاء وجوع عظيم وأكلوا الناس الميتة من بعضهم البعض.
تنيح فى ٦ طوبة سنة ١٠١٦ ش الموافق ١٣٠٠، ودفن بدير النسطور وخلى الكرسى بعده أيامًا، وقال بعض المؤرخين: «ولم تكن قلوب الأقباط مؤتلفة مع هذا البطريرك؛ حيث كان ارتقاؤه للرئاسة من غير اختيارهم، فضلًا عن كونه نسب لأخذ رشوة وحدث فى أيامه فناء وغلاء شديدان».
ورغم أنه استلم الكرسى فى فترة من الهدوء والسلام، لكنه كان يقوم سيامة الأساقفة والكهنة مقابل مبالغ مالية، فصار الشعب ينفر منه خاصة أنه لم يشترك مع الأساقفة فى اختياره، وامتنع بعضهم عن ذكر اسمه فى الصلوات الليتورجية.
وفى عهده جاء الفيضان ناقصًا فحدثت مجاعة بالبلاد حتى مات المئات جوعًا، واضطر البعض إلى أكل الجيفة، كما طلب السلطان محمد بن قلاوون عمل حصر لأوقاف الكنائس والأديرة وإحضار الحَصر إلى ديوان الأوقاف؛ حيث أمر بتوزيعها على المماليك، كما قام والى القاهرة مع حاجب القصر بهدم كنيسة ناحية شبرا.
فى عهده عُمل الميرون بكنيسة القديس مرقوريوس أبى سيفين بمصر القديمة؛ حيث اشترك معه ٧ أساقفة من صعيد مصر وخمسة من وجه بحرى.
