أصبح الدور القطري في تنفيذ العمليات الإرهابية مفضوحًا يوما بعد يوم، حيث كشف نشطاء مواقع التواصل الاجتماعي عن إيواء قطر، لـ"خالد شيخ محمد" العقل المدبر للهجمات، ومنحه وظيفة في هيئة المياه، وتم منحه الحصانة على خلفية علاقته بوزير الأوقاف والشئون الإسلامية حينها عبدالله بن خالد.
وقام شيخ محمد، بسلسلة هجمات إرهابية في أمريكا والفلبين، حتى طلبت أمريكا من قطر تسليمه في 1996، ولكن أمير قطر رفض ذلك، بل وقام بتهريبه خارج الدوحة ليخطط لأحداث 11 سبتمبر، التي راح ضحيتها ألفا شخص.