كنيسة سانت أوجني ببور سعيد بنيت علي شكل الكنيسة المعمارى، على الطراز «التوسكانى» فهناك أربعة أعمدة موزعة على جانبى المدخل الرئيسى والوحيد للكنيسة، وتمتاز هذه الأعمدة بأنها ذات بدن أسطوانى أملس، يعلوها تيجان بسيطة ذات زخارف توسكانية، وبزخرف الواجهة فوق المدخل «كرانتون» يتوسطه زخارف لدرع «شعار النبالة» الخاص بفرنسيسكان بيت المقدس، ويتوسط الواجهة مدخل الكنيسة، ويتم الوصول إليه عن طريق ست درجات سلم من الرخام، تنتهى بعتبة تؤدى إلى فتحة المدخل، وهى متوجة بعقد نصف دائرى من الرخام متعدد الإطارات، ويعلو عقد المدخل شباك دائرى من الرخام متعدد الإطارات، قطره بحجاب من المعدن المشغول بأشكال هندسية ونباتية متفتحة فى مركزها، ويغلق على المدخل باب من الخشب مستطيل من حشوات طولية.
يمكن الوصول إلى «برج الكنيسة» عن طريق الفناء الغربى، وبنيت من الحجر والاجر وأرضيات الأروقة الثلاثة من الرخام والأسقف من الخرسانة والعوارض والقضبان المعدنية.
ومساحتها مستطيلة المسقط منتظمة الأبعاد تبلغ مساحتها الكلية 912 مترًا، تم تقسيمها إلى ثلاثة أروقة أوسعها الرواق الأوسط بواسطة «باكيتين» تشمل كل «باكية» سبعة عقود نصف دائرية تسير اتجاهاتها عمودية على هيكل الكنيسة ناحية الجنوب وتستند على سبع دعامات حجرية مربعة المسقط، يعلو البلاطة الأولى خلف المدخل «مقصورة المرتلين» ومكان للأروج وعالج المعمار، عدم وجود فتحات لشبابيك بجدران الكنيسة بإقامة فانوسين «شخشيخة» للتهوية والإضاءة فى سقف الهيكل الشرقى والغربى.
«الهيكل» يقع فى الاتجاه الجنوبى، وليس فى اتجاه الشرق كما هو موجود فى جميع كنائس الأرثوذوكس، وأرجع ذلك لعدم تقيد الكاثوليك باتجاه الشرق فى كنائسهم، وبها ست دخلات ثلاث بالجدار الغربى وثلاث بالجدار الشرقى، فى وسط المذبح يعلو كل منها أيقونة أو تمثال لأحد القديسين المكرسين بالكنيسة، والرواق الغربى به مذبح السيدة العذراء «السيدة المجدلية» ومذبح العذراء «السيدة الوردية» ومذبح «القديسة لوتشيا»، كما يوجد بالرواق الشرقى، مذبح القلب المقدس ومذبح القديس أنطونيوس البدوانى، ومذبح القديس روكز، ويعلو دعامات وجدران الكنيسة، عدد أربع عشرة أيقونة، سابقة الصنع من الخشب، صنعت بواسطة الحفر البارز المجسم تمثل مراحل «محاكمة السيد المسيح».
