اختلف النظام فى هذه البطولة عن كل البطولات التي أقيمت من قبل، حيث قسمت الفرق إلى 6 مجموعات من 4 فرق لكل مجموعة، بحيث يصعد أول وثان كل مجموعة إلى الدور الثاني، فيُقسَموا إلى 4 مجموعات كل منها تضم 3 فرق، ويتأهل إلى نصف النهائى أول كل مجموعة.
وكانت هذه هي البطولة الوحيدة التي أقيمت بهذا الشكل، وجاء قرار الفيفا بزيادة عدد الفرق من 16 إلى 24 فريقًا، رغبة فى إتاحة الفرصة لعدد أكبر من المنتخبات للمشاركة فى البطولة، مما سمح لدول من قارات كأفريقيا وآسيا بالذات للمشاركة بصورة أكبر فى كأس العالم.
مفاجأة التصفيات المؤهلة للبطولة كانت فشل المنتخب الهولندى وصيف النسختين السابقتين فى 1974 و1987 فى التأهل للبطولة، بعدما أقصاه المنتخبان الفرنسى والبلجيكى فى التصفيات.
كما فشل المنتخب المكسيكى أيضا فى التأهل للبطولة على يد منتخبى الهندوراس والسلفادور، بينما تأهل منتخب أيرلندا الشمالية للمرة الأولى منذ عام 1958.
وشهدت هذه البطولة الاستخدام الأول لركلات الترجيح فى كأس العالم، وذلك فى مبارة فرنسا وألمانيا فى نصف النهائى التى انتهت بالتعادل 3-3، ثم حُسمت ركلات الترجيح لصالح ألمانيا 5-4.
