تمكن أحمد بن طولون من الاستقلال بمصر عن الخلافة العباسية، واشترى موافقة الخليفة المعتمد بالمال وسانده فى صراعه مع أخيه الموفق أحمد، مستغلا فى الوقت نفسه ظروف ثورة الزنج فى جنوب العراق والتى شغلت الخلافة العباسية عما كان يجرى فى المناطق البعيدة من الإمبراطورية.
وكانت ثورات العلويين أول تحد واجه أحمد بن طولون فى مصر، ففى سنة ٢٥٥هـ خرج رجل علوى يدعى «بغا الأصغر» بين برقة والإسكندرية بمكان يقال له «الكنائس» ومعه ابن عم لجابر بن الوليد المدلجى، لكن بهم ابن الحسين أحد قواد ابن طولون استطاع هزيمته وقتله، وفى نفس السنة خرج ابن الصوفى العلوى بصعيد مصر، وكان تمرده قد بدأ سنة ٢٥٣ هـ ثم دخل إسنا فى سنة ٢٥٥ هـ، فنهبها وقتل أهلها وبعث إليه أحمد بن طولون بالقائد «ابن إزداد» فواجهه فى قرية «هو» بالقرب من قوص وانهزم ابن ازداد، وجُرح ثم ظفر به ابن الصوفى فقطع يديه ورجليه ثم صلبه، فعقد أحمد بن طولون لقائده بهم بن الحسين على جيش آخر فخرج إلى الصعيد والتقى بابن الصوفى بناحية أخميم وهزم ابن الصوفى وقُتل رجاله، فهرب تاركا جميع ما كان معه ومضى إلى الواحات ثم خرج إلى الأشمونين فى المحرم سنة ٢٥٩ هـ فبعث إليه ابن طولون بقائد آخر يدعى «أبى المغيث» فى ٥٠٠ رجل، فوجد ابن الصوفى قد سار إلى أسوان لمحاربة خصم له يدعى أبو عبدالرحمن العمرى، وهو من أحفاد عمر بن الخطاب فظفر به ابن العمرى وقتل جيشه ورجع ابن الصوفى إلى أسوان فقطع لأهلها ٣٠٠ ألف نخلة وأفسد بها فبعث ابن طولون بقائد آخر يدعى «ابن سيما» واضطرب أمر ابن الصوفى فترك أصحابه ومضى إلى عيذاب وركب البحر إلى مكة فأقام بها بعض الوقت إلى أن أعيد إلى مصر مرة أخرى فسجنه أحمد بن طولون، ثم أفرج عنه بعد فترة قصيرة فرحل إلى المدينة ومات بها.
وفى سنة ٢٥٦هـ توفى الخليفة المهتدى، وبويع المعتمد بن المتوكل فأقر أحمد بن طولون على ولايته بمصر ومع خلافة المعتمد بدأ نجم ابن طولون فى الصعود، عندما أرسل إليه المعتمد يطلب مزيدا من الأموال، وأرسل إليه قائلًا (لست أطيق ذلك والخراج بيد غيرى) فأرسل إليه المعتمد تقليدا بخراج مصر، وكذلك بالولاية على الثغور الشامية لكن الموفق أحمد أخو الخليفة وصاحب النفوذ الفعلى فى بغداد اعترض على ذلك وطلب من قائده موسى بن بغا صرف أحمد بن طولون عن مصر، وتقليدها ماجور التركى والى دمشق، لكن موسى توفى فى صفر سنة ٢٤٦ هـ ثم توفى ماجور التركى بعده بدمشق فشجع ذلك ابن طولون على الخروج إلى الشام بعد أن استخلف ابنه العباس على مصر.
وجمع أحمد بن طولون أموالًا هائلة من المصريين واستطاع أن يحقق بها أهدافه فى إشباع شراهة الخليفة المعتمد إلى الأموال لتحقيق الاستقلال بحكم مصر، وكذلك فى تكوين جيش ضخم يحمى له ذلك الاستقلال، وألزم البطريرك ميخائيل بطريرك الكنيسة المصرية بحمل عشرين ألف دينار باع فيها رباع الكنائس الموقوفة عليها وأرض الحبش ظاهر فسطاط مصر وباع الكنيسة بجوار المعلقة من قصر الشمع لليهود وقرر الديارية (مساعدات للأديرة) على كل نصرانى قيراطا فى السنة فقام بنصف المقرر عليه.
