لم يسلم الملك الفرعوني "رمسيس الثاني" من بعض الافتراءات التاريخية والتي أثبت العلماء عدم صحتها فيما بعد، فقد أرحج بعض علماء الغرب على ما لديهم من أسفار العهد القديم، ومع تتبع الأزمنة الواردة به، فقد ظن الكثير من المستشرقين والعلماء أن رمسيس الثاني هو نفسه "فرعون موسى"، والذي عاصر وجود بني إسرائيل في مصر، وكان من أصحاب تلك النظرية هو يوسيبيوس القيصاري الذي عاش في الفترة من 275 حتى 339 ميلادية، وهو أول من نادي بتلك النظرية، وأولبرايت، إيسفلت، روكسي، وأونجر، والأب ديڤو، والذين اعتمدوا "نظرية الاعتماد على التواريخ".
وذهب البعض إلى القول إنه إذا كان "رمسيس الثاني" قد اعتلى العرش عام 1279 ق.م، كما يعتقد بعض العلماء لكان قد تولى الحكم وهو في الواحد والثلاثين من عمره وليس في الرابعة عشر كما هو مثبت بالتاريخ المصري، حيث احتفل رمسيس الثاني بـ 14 عيدًا لموسم الحصاد "سيد"، ويُحتفل به لأول مرة بعد ثلاثين عامًا من حكم الفرعون، ثم مرة كل ثلاث سنوات.
كما شكك معظم علماء المصريات في فرضية أن يكون رمسيس الثاني هو فرعون موسى نتيجة بحث تاريخي مفصل – كما تم ذكره بالأعلى - ولأن فحص مومياؤه أثبتت أنه لم يمت غرقًا، على عكس ما حاول أتباع هذه النظرية من الترويج لها بادعاء وجود آثار ماء في رئتيه.
وهو ما تم ذكره في القرآن الكريم بسورة الشعراء: «فَأَوْحَيْنَا إِلَىٰ مُوسَىٰ أَنِ اضْرِب بِّعَصَاكَ الْبَحْرَ ۖ فَانفَلَقَ فَكَانَ كُلُّ فِرْقٍ كَالطَّوْدِ الْعَظِيمِ (63) وَأَزْلَفْنَا ثَمَّ الْآخَرِينَ (64) وَأَنجَيْنَا مُوسَىٰ وَمَن مَّعَهُ أَجْمَعِينَ (65) ثُمَّ أَغْرَقْنَا الْآخَرِينَ»
أما الطبيب الفرنسي موريس بوكاي فقد ذكر في كتابه (الإنجيل والقرآن والعلم الحديث) أنه يظن أن مرنبتاح ابن رمسيس الثاني هو الأقرب لأن يكون هو فرعون موسى، وكان اعتماده في ذلك ان التوراة والإنجيل تؤكد وجود فرعونين عاصرا فترة النبى موسى أحدهما قام بتربيته والآخر هو من عرف بفرعون الخروج الذي طارد موسى وبنى إسرائيل، وأغرقة الله في خليج السويس بالبحيرات المُرة.
كما أكدت أستاذ الأثار المصرية الدكتور سناء العدلي أن فرعون موسى الذي طارد وتتبع بني اسرائيل في منطقة البحيرات المُرة يجب أن يكون شابًا ليجمع الجيش ويمتطى حصانًا، وهو ما يصعب عليه رمسيس الثاني والذي كان يتجاوز الثمانين عامًا من عمره، وهذا ما يجعله مخالفًا للمنطق – على حد وصفها - لأنه كان كبيرًا في السن ويصعب عليه ركوب الجواد في مثل هذا العمر.
كما أرجعت خبيرة الأثار المصرية وأستاذ التاريخ إلى أن من قام بمطاردة بني اسرائيل في البحيرات المُرة هو الملك "مرنيتاح" وهو أحد أبناء رمسيس الثاني، وهو كان شابًا في تلك الفترة الزمنية وهو القادر على امتطاء الجواد وجمع الجيش ومطاردة بني إسرائيل.
وكذلك لم يعثر على أي أثر ينتمى إلى فترة حكم رمسيس الثاني ذكر فيه أى شيء عن بنى إسرائيل أو أثر يشير إلى النوازل التي عاقب الله بها حاكم مصر وشعبه حتى يدفعه لقبول طلب نبى الله موسى بتحريرهم وخروجهم من أرض مصر.
كما أن أول ذكر لبنى إسرائيل في الآثار المصرية القديمة كان في عهد الملك مرنبتاح ابن رمسيس الثاني وخليفته في الحكم على اللوحة التي تم اكتشافها وتعرف باسم لوحة إسرائيل أو إنشودة النصر وفيها يسجل مرنبتاح انتصاراته على أرض كنعان وقبائل إسرائيل مما ينفى نفيًّا قاطعًا أى إمكانية لكون رمسيس الثاني هو فرعون التسخير وأن مرنبتاح هو فرعون الخروج.
