على مدار ألفى عام تناوب على رأس الكنيسة القبطية الأرثوذكسية ١١٨ بابا وبطريركًا للأقباط، منذ وطأة قدم مارمرقس الرسول، أحد تلاميذ المسيح، الإسكندرية عام ٦٠ ميلاديًا، مبشرًا بالديانة المسيحية فى مصر الفرعونية، وصولا إلي البابا تواضروس الثاني، الراعى الحالى للكنيسة.
ومع تغير الأزمان والأوقات وانتشار خدمة الكنيسة فى المسكونة داخل البلاد وخارجها فى دول الخليج والمهجر وغيرها، شُيدت كاتدرائيات كبرى وكنائس عدة فى بلدان الغرب لتصبح الكنيسة المصرية منارة أصيلة فى العالم.
ومع تغير الحال استحدث وبدل البطاركة مواقع إقاماتهم الباباوية (المقر الباباوي)، وهو مكان عبارة عن قلاية «حجرة» للصلاة، وتحتوى احتياجات المعيشة، وكان أول مسكن بالإسكندرية قَطِن فيه الأنبا مرقس أول باباوات الكنيسة، والملقب بـ«كاروز الديار المصرية»، هو منزل أنيانوس الخراز «مصلح الأحذية» أول من آمن بتعاليم المسيح.
ظل منزل إنيانوس الذى ترك الوثنية واتبع المسيحية وصار كاهنًا، ومن ثم أسقفا وتحول بيته إلي مقرٍ باباوى حتى عام ٦٨ ميلاديا، وبعد استشهاد مارمرقس شيدت كنيسة فى بوكاليا، منطقة محرم حاليًا، ووضع جثمانه للتبارك منه والموجود حاليًا بالكاتدرائية فى العباسية.
وتوالى أنيانيوس مهام الباباوية لاستكمال الكرازة المرقسية حتى البابا الحالى تواضروس الثاني، وظلت كنيسة مارمرقس «البطريركية» مقرًا للباباوات، فيما عدا أزمنة الاضطهاد، كان يتنقل البطاركة بين الأديرة، وخاصة دير الزجاج المُندثر أو بين المحافظات أخري.
فى ظل الأجواء الملتبسة أعقاب مجمع خلقودونية، الذى انقسمت فيه الكنيسة بعد خلافات عقائدية ولاهوتية، وقع خلاف وصل لمرحلة الاستهداف بين الطوائف المسيحية، مما دعا بطاركة الكنيسة للجوء إلى الأديرة وسكنها بعيدًا عن المقار المعروفة لهم مثل: دير دميرة ومحلة دانيال والزجاج والأديرة ببرية شيهات بوادى النطرون.
وعقب الفتح العربي لمصر أعطى عمرو بن العاص أمانًا للبابا بنيامين (٣٨) فى عام ٦٤٤ م، فرجع من مكان اختفائه إلى الإسكندرية، وظلت كنيسة بوكاليا فى أيدى الروم بعد الانقسام، وأصبح مقر البابوات هو الكنيسة المرقسية الأخرى التى عرفت باسم القمحة أو المعلقة.
وفى عهد البابا خرسطوذولو (٦٦) فى ترتيب باباوات الكنيسة فى القرن الحادى عشر، هو أول من نقل كرسى مارمرقس إلى مصر (القاهرة حاليًا) وصار مقره كنيسة المعلقة بمصر القديمة أو الفسطاط سابقا، والتى تمثل أحد أبرز المزارات حاليًا فى المنطقة، ولاسيما أنها شهدت العديد من المعجزات، ومنها نقل جبل المقطم، وكان يقاس من خلالها منسوب مياه النيل.
وفى القرن الثانى عشر نقل البابا غبريال بن تريك (٧٠) المقر الباباوى إلى كنيسة مرقوريوس (أبى السيفين) بمصر القديمة لفترة قصير، وعاد بعدها للكنيسة المعلقة التى تحمل مزيجًا ما بين التراث القبطى والفنين الإسلامى والفرعوني، وظل يتنقل بين كنيستيّ المعلقة وأبى سيفين حتى أوائل القرن الرابع عشر.
ومن ثم نقل إلى كنيسة العذراء بحارة زويلة فى عهد البابا يؤانس الثامن (٨٠) المتنيح سنة ١٣٢٠ م. وظل هناك حتى القرن السابع عشر، كما أقام البابا متاؤس الرابع (١٠٢)، والذى تولى إدارة وقيادة الكنيسة خلال الفترة ما بين ١٦٦٠-١٦٧٥ م، إلى كنيسة حارة الروم، واستمر هناك إلى أوائل القرن ١٩.
لما بدأ البابا مرقس الثامن سنة ١٨٠٩ فى بناء الكنيسة المرقسية بالأزبكية ( كلوت بك)، نقل مقره إليها، واستمر فيها إلى أن نقله إلى المقر الجديد بدير الأنبا رويس بالعباسية فى عهد البابا شنوده الثالث، والذى يسكنه حاليًا البابا تواضروس الثاني، ومن المرتقب أن ينقل البابا مقره فيما بعد للعاصمة الإدارية الجديدة.
فى القرن الثانى عشر نقل البابا غبريال بن تريك (٧٠) المقر الباباوى إلى كنيسة مرقوريوس (أبى السيفين) بمصر القديمة.
