فى خطوة أكثر جرأة وشجاعة عن غيره ممن في منصبه، اقتحم الأنبا بفنوتيوس أسقف سمالوط، قضايا مسيحية شائكة للحديث عنها ومناقشتها بمنظور مسيحي ببساطة وسهولة في كتاب «المرأة في المسيحية» الصادر في ٢٠١٦، ويتكون من ١٣ فصلًا في ١٥٠ صفحة.
الفصل الأول تناول الحديث عن العلاقات الزوجية والتناول والصوم، الفصل الثاني تساءل: هل تتناول المرأة أثناء الدورة الشهرية؟ الفصل الثالث تناول الحديث عن معمودية الأولاد والبنات بعد الولادة؟ الفصل الرابع، لماذا ومتى يعمد الطفل في الكنيسة الأرثوذكسية؟
الفصل الخامس تحدث عن قضية الروح هل مع اتحاد الخليتين أم مع ثبوت الزيجوت في بطانة الرحم؟ الفصل السادس، وسائل تنظيم الأسرة والإجهاض، الفصل السابع مدى السماح بالإجهاض، الفصل الثامن المتخلفات عقليًا والإنجاب. الفصل التاسع بنك البويضات، الفصل العاشر التبني، والفصل الحادى عشر ختان الإناث، الفصل الثاني عشر ختان الذكور، الفصل الثالث عشر تناول المرأة بعد الولادة.
يتعرض الكتاب لمسألة العلاقة الزوجية والتناول، وتناول المرأة أثناء الدورة الشهرية، والآراء المؤيدة والمعارضة يقوم بتفنيدها، ويتساءل قائلًا: شرائع كثيرة تركناها في العهد القديم، فلماذا نتمسك بمثل هذه الشرائع القديمة؟ ويقتبس من الدسقولية ليؤكد أنها لا تؤيد ذلك، ويصدمنا بأن التمسك بهذه الشرائع هو بمثابة «انتصار الناموس على النعمة».
يعتمد في آرائه على أقوال الآباء من أمثال يوحنا ذهبي الفم وكيرلس عمود الدين وأثناسيوس.. فإذا كنا كأقباط نردد ليل نهار قول القديس ديسقورس حامى الإيمان بأننا لا نجدد ولا نبتدع وإنما نحافظ على ما قاله الآباء.. فلماذا لا نستمع لهؤلاء؟!
ثم يتطرق لمسألة تكون الجنين، وهل وسائل منع الحمل تسبب الإجهاض، ويعترف بحقيقة أن أهل العلم لا بد أن يسعوا فى إيجاد بدائل لا تسبب الإجهاض، وفي نفس الوقت يرفع ثقل الذنب عن كاهل الأسر التى تسعي لتنظيم النسل.
ويتطرق لقضية زواج المعاقين ذهنيًا، وقضية التبنى، وختان الإناث، والمدهش أكثر قضية ختان الذكور من نواحٍ طبية وكتابية، وأخيرًا قضية وراثة الخطية الأصلية مقدمًا الأقوال الآبائية والتفسيرات الكتابية.
وأثار الكتاب جدلًا كبيرًا وانتقادًا من الأقباط أصحاب الآراء المحافظة، بينما دافع عنه بعض النشطاء والمفكرين الأقباط، بدعوى تنقية الكنيسة من عادات وتقاليد لا تتفق مع جوهر الفكر المسيحي، وكان الأنبا أغاثون أسقف مغاغة والعدوة، بمحافظة المنيا، رد على كتاب سابق «المرأة والتناول» بورقة بحثية واصفًا تلك الأفكار بأنها بدعة، وكان الكتاب أصدره أحد الرهبان الأقباط، وبسببه تمت مناقشة أمر تناول المرأة الحائض أو بعد الولادة في اللجان الفرعية للمجمع المقدس، الذي يضم أساقفة الكنيسة، وأيد كثير من الأقباط رأي الأنبا أغاثون الذي ضمنه في محرر بحثي، من ١٤ ورقة، وفي المقابل حرر ناشطون ومفكرون أقباط مقالات وبيانات تؤيد رأي الأنبا بفنوتيوس أسقف سمالوط، وذهب أحدهم في وصفه للمواقف المخالفة لرأي الأنبا بفنوتيوس بأنه تمسك بعادات يهودية تسللت للفكر المسيحي.
