دير الأنبا توماس السائح يقع عند سفح الجبل الشرقي في "قرية عرب بني واصل" التابعة لمركز ساقلته - ايبارشية أخميم- محافظة سوهاج. وهو على ربوة عالية تحيط به مساكن الأهالى من كل ناحية.
مساحة الدير صغيرة جدًا؛ فهو أصغر الأديرة من حيث المساحة، غير أنه يمكن أن يطلق عليه "عُلِّيَة صهيون الثانية" ففى علية صهيون الأولى ظهر الرب يسوع لتلاميذه بعد القيامة وتحدث معهم، هكذا أيضًا شهد هذا المكان المقدس حضور الرب يسوع وحديثه مع القديس الأنبا توماس..
ويضم الدير الكنيسة الأثرية كما يضم الدير مائدة الضيوف والمكتبة في مواجهة الداخل من الباب الرئيسي، وفى الجهة البحرية من الدير توجد بعض القلالي وقلاية الأب المشرف على الدير.
يرجع تاريخ الدير الى الفترة من 617-627 م. (أي خلال العشر سنوات التي احتل فيها الفُرس مصر) ذكر بتلر Butler أن قائد جيوش كسرى نزل ومعه جنوده إلى الجنوب بمحاذاة النيل لكي يفتح الصعيد، وكانت معاملته للقبط سيئة جدًا. ولا شك أن الدير أصابه بعض الخراب، وإن لم يكن كل الخراب في تلك الفترة؛ حيث إنه قريب من النيل نوعًا ما، على سفح الجبل الذي يقع بين الوادي ومجرى النيل.
إلى جانب غارات البدو الرُّحَّل القادمين من جبل القلزم على البحر الأحمر، وربما قد يكونوا نهبوا الدير..
وبعد ذلك بخمسين سنة، وفي نهاية القرن السابع سادت مصر حالة من الاستقرار (685-704 م.) في فترة حكم الوالي الأموي عبدالعزيز بن مروان، الذي اشتهر عصره بالبناء والعِمارة.. وكان مُحِبًّا للأقباط وبطاركتهم المعاصرين له، ويتضح ذلك في أنه عَيَّن أثناسيوس الرهاوي رئيسًا لديوانه. وساهَم الرهاوي بنفوذه في تعمير كنائس الأقباط وأديرتهم، وإعادة بنائها.
وفي مجموعة البردي القبطية Coptic papyri التي نُشِرَت عام 1952 في مانشستر بواسطة جون رايلند John Rylands إشارة واضحة إلى إيصالات دُفِعَت في دير أنبا توماس أصدرها أبوللوس وباخوم إلى الأب جورج رئيس الدير السابق. وهذه الضرائب كان يتم فرضها على الأفراد وعلى ملكية الأطيان الزراعية. وكان ذلك في القرن الثامن، وإن لم تُحدد السنة بالضبط التي دُفِعَت فيها الضرائب، وهذا يوضح أن الدير كان عامرًا بالآباء الرهبان، وكان له رئيس، وممتلكات من الأراضي الزراعية بالقدر الذي يستحق أن تُدْفَع عنه ضرائب.
وحتى نهاية القرن العاشر وأوائل القرن الحادي عشر الميلادي لم يوجد أي مصدر يدل على تاريخ الدير ومصيره في تلك الفترة، حتى اعتلى الحكم في مصر الحاكم بأمر الله، الذي أصدر أمرًا بهدم كنائس مصر (1011 م.)، ولم تقم لأغلبها قائمة، حيث تم الاعتداء على البيعة المقدسة، وقيل أنه هدم من الكنائس والأديرة حوالي ثلاثين ألفًا.
وفي القرن الثالث عشر الميلادي حدث زلزال كبير في المنطقة أدى إلى تَصَدُّع المباني. ويحدثنا المؤرخ المقريزي في القرن الخامس عشر عن خرب الأديرة في تلك المنطقة، وإن كان لم يذكر دير الأنبا توماس صراحةً، في حين تكلم عن دير الأنبا شنوده الشرقي -والذي يقع شمال غرب قرية عرب بني واصل بحوالي كيلومتر واحد، ويبعد أربعة كيلومترات شمال دير الأنبا توماس- حتى أن الدير الأحمر كان يشغل مساحة قدرها أربعة أفدنة وثلاثة أرباع الفدان، في حين أن مساحته الحالية فدانًا واحدًا.
وفي أواخر القرن الثامن عشر الميلادي حدثت معارك بين الفرنسيين والمماليك، ويُحتمل أن يكون التدمير والتخريب الذي حدث في أديرة المنطقة ومنها دير الأنبا توماس كان نتيجة لذلك.
يعتبر الدير من أقدم أديرة المنطقة، وتدل الآثار التي وُجِدَت في وادي سِرجة على أن الأنبا توماس هو المؤسس الأول لهذه المنقطة ولهذا الدير. واستمر حتى القرن 18 عامرًا بالرهبان، ولكنه هُجِرَ بعد ذلك نتيجة الاعتداءات عليه.
وكان للدير سور من الطين والطوب اللبن لا يتجاوز ارتفاعه المترين، وكان مُتهالِكًا جدًا وبعض أجزائه مفقودة تمامًا. ولكن بعد مجهود كبير وتحت إشراف هيئة الآثار بسوهاج وأخميم، تمت الموافقة على بناء السور الخارجي للدير، وهذه كانت أول مرحلة تعمير نتج عنها بناء سور عظيم يليق بمكانة الدير، وكذلك إنشاء بوابة عالية قوية.
