كان الدكتور رفعت السعيد، واحدًا من أشد المعارضين لجماعة الإخوان الإرهابية، وله العديد من المؤلفات النقدية لحركات الإسلام السياسي، تعرض «السعيد» للانتقاد بشدة لمناصرته للقضايا القبطية والأقباط، ونُشرت له مقالات عديدة في هذا الشأن.
وخلال فترة رئاسته لحزب «التجمع» استضاف الحزب عشرات المؤتمرات، ترأسها «السعيد» بنفسه، تنوعت هذه اللقاءات ما بين دعم المواطنة وفتح أبوابه أمام الأقباط لعرض مطالبهم، خاصة أثناء حكم جماعة الإخوان.
ربطت بين الراحل رفعت السعيد والراحل البابا شنودة الثالث، علاقة صداقة قوية، ولقاءات ودية كثيرة، ولم يتوقف الأمر عند وفاة بابا الكنيسة، فقد استمر السعيد من بعده في الحديث حول جوانب في شخصية بابا الكنيسة الراحل، بصفته أحد أصدقائه المقربين.
وذكر «السعيد» في حديث له بعد رحيل البابا شنودة في ٢٠١٢، أن يد البابا الراحل كانت مانعة للصواعق، وكانت تحمي من صواعق فتنة في عدة فترات، ولو اشتعلت الآن لن يطفئها أحد بعد رحيل البابا، وقد تصل الأمور لحالة لا يمكن التنبؤ بها.
وقال أعرف أكثر من كثيرين أن البابا شنودة من أطفأ الفتن في مصر، مستندًا في ذلك إلى مهابة يخشاها الجميع حكامًا ومحكومين، وإلى محبة لم تتوافر لأحد غيره وسط الأقباط وهو ما مكنه من ضبط إيقاع الوطن، فإذا اختفت هذه القوة سيبدو الأمر مخيفًا جدًا في ظل التوترات التي كانت تعيشها مصر في هذه الأثناء عقب ثورة ٢٥ يناير.
وكتب د. رفعت السعيد في أحد مقالاته، إن البابا الراحل جاء في زمن رُفع فيه سيف العداء لمصر خصوم ألداء أشد عداوة وأشد خصومة من الاحتلال البريطاني، وكان الخصوم يطمحون في حالات كثيرة إلى شن حملات ضارية ضد مصر، محاولين أن يقصموا ظهرها بسيف الفتنة الطائفية، التي تتحول إلى براكين لو أن قداسة البابا أشهر غضبًا أمام الرأي العام العالمي، لكنه كان يرتقي بمصريته فوق كل الجراح ويحبط كل طموحات الأعداء.
