أخذ على عاتقه، منذ اليوم الأول، لتوليه حقيبة وزارة الأوقاف، محاربة التطرف والإرهاب، وتحرير منابر المساجد بكافة محافظات الجمهورية من الأفكار المتطرفة، وأجبر جميع العاملين بوزارته على تبني منهج الأزهر الوسطي، الذي يحمل في طياته سماحة رسالة الإسلام، إنه الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف.
استطاع خلال فترة توليه وزارة الأوقاف منذ 16 يوليو 2013 وحتى الآن أن يحرك الماء الراكد، وقرر دخول عش الدبابير ومعاركه لم تهدأ، وكانت قراراته جريئة للغاية، صادمة للبعض ومُرحب بها من الآخرين، خاصة القانون المتعلق بالدعوة، الذي يحظر اعتلاء المنابر لغير الأزهريين والحاصلين على ترخيص من الوزارة، وهو القرار الذي جعله يخوض حربا مع التيار السلفي وجماعة الإخوان المسلمين.
وكانت جرأته دافعا له للإعداد حاليا لقانون تنظيم الفتوى ومنع التطاول عليها من غير المختصين، يتفق أو يختلف معه البعض، لكن الجميع يُجمع على أنه وزير نشيط استطاع لفت الانتباه إليه وفجر الكثير من القضايا في فترة قليلة.
شغل "جمعة" منصب عميد كلية الدراسات الإسلامية والعربية للبنين بالقاهرة، وطالب باستقلال الأزهر وبميزانية مخصصة له مرارا ليؤدي رسالته على أكمل وجه.
اتخذ "جمعة" عددا من القرارات تهدف لمنع التوظيف السياسي الحزبي أو المذهبي أو الطائفي للمنبر أو المسجد، من بينها ما قرره في سبتمبر 2013 بمنع إقامة صلاة الجمعة في الزوايا التي تقل مساحتها عن 80 مترا، ثم تبعه بتوحيد خطبة الجمعة، بحيث تخرج من وزارة الأوقاف لتوزع على الخطباء مكتوبة، علاوة على ضم أي مسجد لا يلتزم بالقرار للوزارة، إن كان من خارجها، كمساجد الجمعية الشرعية وأنصار السنة، ولم يتأثر بالهجوم الشديد، ثم صدر قانون بمنع غير الأزهريين من الخطابة في المساجد الحكومية والأهلية.
جاءت معركة وزير الأوقاف مع الجمعية الشرعية، التي انتصر فيها، بعدما هدد بسحب اعتراف وزارته بمعاهد إعداد الدعاة التابعة للجمعية، بدعوى أنها لم تعد تلتزم بالمنهج الوسطي وأنها تضم بين جنباتها أعضاء من الإخوان والمتعاطفين معهم، خاصة في صفوف أعضاء هيئة التدريس، ولم تجد الجمعية الشرعية بدا من الانصياع له في النهاية.
"جمعة" حاصل على عضوية العديد من الاتحادات المختصة في الأدب، منها اتحاد كتاب مصر ورابطة الأدب الإسلامى والرابطة العالمية لخريجى الأزهر، وله اهتمامات كبيرة بمجال التنمية البشرية التي حاضر في كثير من منتدياتها كداعية وأستاذ جامعى متخصص في العلوم الشرعية والأدبية، وعضو الجمعية الشرعية الرئيسية للعاملين بالكتاب والسنة، وله العديد من المؤلفات فى الأدب والشعر أبرزها الأدب العربي في عصره الأول، والفكر النقدي فى المثل السائر لابن الأثير فى ضوء النقد الأدبي الحديث، والتمرد فى شعر الجواهرى.
