أثار الدكتور محمد مختار جمعة ضجة كبيرة بوزارة الأوقاف بعد ثورة ٣٠ يونيو، بعد قيامه بتطهير الوزارة من جماعة الإخوان الإرهابية، وقيامه بإصدار العديد من القرارات الحازمة، ومنها منع غير الأزهريين من الخطابة فى المساجد الحكومية والأهلية، إضافة إلى استبعاده ٢٧ ألف إمام وخطيب من الخطابة يتبعون الجماعة والسلفيين.
هو وزير الأوقاف المصرى، ورئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية وعضو مجمع البحوث الإسلامية، وأستاذ اللغة العربية وآدابها، وعميد كلية الدراسات الإسلامية والعربية جامعة الأزهر سابقًا.
عُيّن مُعيدًا بجامعة الأزهر، فمدرسًا مساعدًا، فمدرسًا، فأستاذًا مساعدًا، فأستاذًا، فوكيلًا ثم عميدًا لكلية الدراسات الإسلامية والعربية للبنين فى القاهرة، ثم انتُدبَ إلى جانب عمله عميدًا عضوًا فى المكتب الفنى لشيخ الأزهر لشئون الدعوة والإعلام الدينى، ثم عُيّن وزيرًا للأوقاف فى حكومة الدكتور حازم الببلاوى فى ١٦ يوليو ٢٠١٣.
ونظرًا لما قام به من جهد مشرّف ومتميز فى خدمة الدعوة الإسلامية، والعودة بها فى مصر إلى عمقها الأزهرى الوسطى، فقد تم إسناد الوزارة إليه فى حكومتَى إبراهيم محلب الأولى والثانية، كما تم انتخابه عضوًا فى مجمع البحوث الإسلامية، وفى مجلس إدارة الرابطة العالمية لخريجى الأزهر الشريف.
كما تم اختياره رئيسًا لاتحاد الأوقاف العربية ورئيسًا لمنتدى السماحة والوسطية بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية بالتزكية، ورئيسًا لبعثة الحج المصرية ثلاثة أعوام متتابعة، كما اختارته منظمة التسامح والسلام فى دولة الكويت سفيرًا للتسامح والسلام عام ٢٠١٥.
