بنى مسجد الحاكم بأمر الله عام 380 هجرية، في عهد العزيز بالله الفاطمي والذي شرع في بناء مسجد خارج باب الفتوح، ولكنه توفى قبل إتمامه، فأتمه ابنه الحاكم بأمر الله، وسمى بعد ذلك باسمه.
يوجد بداخل المسجد قبلتين أحدهما معروف باسم "القبلة الفاطمية" والتي صممت تبعًا للشيعة، وكذلك قبلة "المملوكية" والتي بنيت بعهد المماليك وتحول المسجد إلى مخزن للبضائع بسبب إهمال المسئولين له، ولكن طالبت طائفة البهرة الرئيس أنور السادات بتطويره للصلاة به، وكذلك لمكانة الحاكم بأمر الله عندهم فأمر السادات بتطويره وافتتحه بأواخر السبعينيات.
تقف هذه التحف الفنية من مساجد مصر الضاربة بجذورها في عمق التاريخ تعانق أجراس الكنائس، لتثبت يومًا بعد يوم أنها مهدًا للأديان مما جعلها مقصدًا لطلبة العلم حول العالم.
