يعتبر مسجد السيدة نفيسة واحدًا من أقدم مساجد القاهرة على الإطلاق، وتأسس هذا المسجد بهذا الشكل الذي هو عليه اليوم في العام ألف وثلاثمئة وأربعة عشر من الهجرة، ألف وثمانمائة وسبعة وتسعين ميلادية. وفي زمن الناصر محمد بن قلاوون تم إنشاء المسجد إلى جانب مشهد السيدة نفيسة، وقد قام الأمير عبد الرحمن في العام ألف ومئة وثلاثة وسبعين من الهجرة بتجديد المسجد والضريح معًا، وفي العام ألف وثلاثمائة وأربعة عشر ميلادية، صدر أمر من الخديوي عباس باشا الثاني بإعادة بناء المسجد والضريح، وهو لا يزال قائمًا يستقبل المصلين إلى يومنا هذا.
يعود تاريخ المشهد إلى وفاة السيدة نفيسة بنت الحسن في مدينة القاهرة، حيث أراد زوجها أن يحملها ليدفنها في المدينة المنورة، وتحديدًا في مقبرة البقيع المباركة، وعندما علم المصريون بهذا الأمر تجمعوا وذهبوا إلى الوالي يخبرونه بأنهم يريدون جثمان السيدة نفيسة أن يبقى بينهم، فرفض زوجها طلبهم، عندها أصروا على مطالبهم، وجمعوا الكثير من الأموال لقاء أن يدفنها على أرض مصر فأبى، فتألم المصريون لرفض زوجها طلبهم، وبعدها بيوم تفاجأ المصريون بموافقة الزوج على مطلبهم، فعندما استفسروا منه عن سبب عدوله عن رأيه الذي أصر عليه رغم المحاولات الكبيرة التي قاموا بها، أجابهم بأنه رأى رسول الله - صلى الله عليه وسلم- في المنام وأخبره أن يعيد الأموال إلى أصحابها، وأن يخضع لرغباتهم ويدفنها في مصر.
